就专业银行自身而言，其内部管理水平低下也是其难以商业化的巨大障碍。其资产负债比例远远低于巴塞尔协议的国际标准，不良资产比例近40%[xiv]，1994年专业银行资产收益率仅为0.32%，为同期英美等国的1/5左右。专业银行的管理素质还表现为组织庞大、内部职责紊乱、约束不足等方面，使其面对转轨困难重重。不良资产危及着国有银行和国有企业的生存、发展，对通货膨胀产生巨大压力，威胁着社会稳定和经济改革的成功。
经济转轨的困境同时反映在法制改革的层面上。在
商业银行法业已颁布实施的同时，专业银行难以达到法律文件所确定的要求。这一法律困境就表现为从压制型法向自治型法的转变阻碍上[xv]。专业银行商业化的法制困境从根本上而言，是难以实现有效的权利—义务调整，权利、义务、责任的界限难以清晰划分。具体而言：
1、 在所有权的管理、约束上，专业银行的经营权与政府的行政管理权和国家所有权相互侵蚀。一方面，政府自我约束机制的不足，使得经营权难以独立，同时，银行自身组织系统的不完善，使其依赖于行政管理权的保护，侵蚀国家所有权。作为国有银行，不承担政府稳定经济的部分职能是不可能的[xvi]。
2、 在专业银行的自身管理上，由于专业银行自身组织的“官僚化”、“行政科层化”，内部组织管理的权责约束不明确，缺乏有效的责任制度，以及单纯侧重纵向的行政约束，因而导致了其难以实现以经济效益为目标，无法自我承担责任的弊端。
3、 在银企关系中，由于国有企业与专业银行的法人财产权（经营权）均难以实现，存在着国企经营权侵蚀银行经营权的现象。
政府、专业银行和国企三者的权利相互重叠，导致了三者在权利义务上相互侵蚀、相互依赖。这种弊端的解决，是一个制度性的问题。实现专业银行从政策调整和行政管理向法律调整的转变，应当与整个经济制度的变迁相联系。
二、对困境的经济与法律分析
就专业银行的组织而言，它与新建银行的根本不同在于它是一个固有的科层组织。专业银行的内部控制管理具有官僚—科层组织的特性[xvii]，它并不依照商业原则运作、组织和管理。这首先表现为专业银行依照区域来组织，实行单一法人制，依照行政序列来层层延伸；其次是其内部制度建设缺乏，管理人员的权利、责任没有明确的划分，缺乏必要的监督、制约，会计制度不严格，财务报表和数据缺乏严肃性和真实性[xviii]。第三是专业银行内部未能形成利益约束，各部门、各机构的责任独立性不足。第四则是，在人事管理上的官员化，业务人员按干部对待，行长类比政府部门的干部级别，工资与经营类同于事业单位，资金和经营成果不依资本原则管理[xix]。这种组织管理仍然是依照行政原则，依照行政法律规范组织的。它在事实和规范的层面上均具有纵向实现行政目标的特性。官僚—科层组织是官僚主义、效率低下、贪污腐败的温床[xx]。组织、监控的不健全，帐外经营、绕规模经营、虚傩畔⑷晕炊啪蛟饺ㄐ惺隆⑽シú僮髟斐傻拇蟀敢甘庇蟹⑸?script>WriteZhu(''xxi'');。这种国家本位的管理模式延续至今，不能不说与中国的传统有关[xxii]。
专业银行现有的组织管理，在外部关系上，难以实现
商业银行法和
公司法的独立法人财产权，作为国有银行和商业银行而言，它应当具有公法上的国家所有权和私法上的组织独立性的共同特征。实现法人财产权的阻碍在于政府行为的不规范和专业银行组织本身的不适应，而政府行为的不规范则由于政府管理上固有的“惯性”和目前的专业银行在金融系统中占据的重要地位，使得政府难以依照所有者身份来实现管理，而专业银行则由于自身组织的特性，往往使其为寻求垄断利益而获取保护。这种制度事实上的惯性使得专业银行的独立法人财产权难以保证，在地方政府行为中这种表现尤为突出。近几年来，政府侧重房地产的产业政策及其失误是导致现有银行不良资产的重要原因[xxiii]，并进一步阻碍专业银行的转轨。因而，在外部关系上，导致困境既有“体制惯性”的历史因素，又有政府行为选择的现实因素。
