“一、企业在一般的股权（包括转让股票或股份）买卖中，应按《
国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号）有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。
二、企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，应按《国家税务总局关于印发＜
企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定＞的通知》（国税发〔1998〕97号）的有关规定执行。投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。……在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得。
从上述规定来看，《补充通知》明确了[1998]97号文和2000]118号各自的适用范围。依照该通知，一般性股权转让不得确认并扣除股权持有收益；但企业改制、清算或者转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，可以从股权转让收入中减除股息性所得。对于股权转让收益中持有收益的计算方式，《补充通知》依然维持了原来的规则，即“投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得”。
三、 股权转让中持有收益确认方式存在的问题
现行税法把股权转让中的持有收益等同于“投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积”，并没有附加任何条件。但是，下面的分析显示，这一确认方式并不当然成立，它的确需要有一些前提条件。
理论上说，“持有收益”应当是投资人在持有股权期间基于被投资企业经营活动的新增盈利而获得份额，它必须经过一定的营业期间才可能显现。这就意味着股权应长期持有。如果只是短期持有，甚至取得股权后数日后就转手，持有期间内被投资企业尚未产生新的盈利。这样，股权转让价”与“股权成本价”中所包含的被投资企业的留存盈余很可能是相同的，二者的差额就不含有持有收益，而是纯粹的股权处置收益。
另一方面，即使是长期持有的股权被转让，股权转让所得中理应包含持有收益，但这还需要转让交易的双方对股权的定价与被投资企业的净资产的各部分相联系，最好能明确转让至少由“股权+股东留存收益权”两部分组成，以便将一部分转让款确认为持有收益。显然，这一条件在现代资本市场中很难实现。因为，现代财务管理理论对股权的定价并不拘泥于企业的净资产，而是根据企业未来创造的现金流或未来各年度支付的股利进行贴现所得到的现值之和。
由此而得到股权转让差价，与股权持有期间公司新增盈利以及投资方应享有的份额之间的数量关系并不清晰，很难准确计量哪一部分股权转让收入就是持有收益。如果考虑到股权转让时可能存在的各种非市场因素，股权转让所得的构成就更加不确定了。
