然而，2000年以后，国家税务总局似乎改变了以往的做法，在其发布的《股权投资通知》中，不再区分“持有收益”与“处置收益”，而是将整个股权转让收益视为资本利得，其规定如下：
“企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。”
《股权投资通知》并没有界定股权转让的概念，也没有明确自己的适用范围，只是在通知的最后有一条：“此前规定与本通知规定不一致的，按本通知规定执行”。由此，在实务中引发了关于《股权投资通知》与《外资重组规定》、《内资改制规定》之间的效力关系的争议。多数人理解《股权投资通知》取代了《内资改制规定》的规则，股权转让中不得再确认并扣除持有收益。一些人甚至认为《外资重组规定》确认持有收益的规则也不再适用。
实践中也出现了大量将股权转让时机与利润分配联系起来的税收筹划。
依一般法理，《股权投资通知》主要是与《内资改制规定》的冲突。企业改制、改组中一般都会涉及股权转让，因此，《股权投资通知》的适用范围与《内资改制规定》存在很大重叠。至于《外资重组规定》，其引言部分表明依据的是《外商投资企业和外国企业所得税法》，而《股权投资通知》开篇则说明其“依据《企业所得税暂行条例实施细则》……”，且企业所得税的内外有别也是我国长期以来的做法，因此，从法理上看，外商投资企业的股权重组应继续适用《外资重组规定》。
三、《补充通知》解决冲突的方式与局限
为解决税收实务中的混乱，国家税务总局2004年3月发布了《关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》（国税函[2004]390号），相关规定如下：
“一、企业在一般的股权（包括转让股票或股份）买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号）有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。
二、企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，应按《国家税务总局关于印发＜企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定＞的通知》（国税发〔1998〕97号）的有关规定执行。投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得。
从上述规定来看，《补充通知》对于股权转让规范性文件之间的冲突采取了如下的解决方案：
第一，《补充通知》明确了针对企业改制的《内资改制规定》与针对股权转让的《股权投资通知》都是有效的，后者并没有取代前者。
第二，在股权转让所得计算口径问题上，《补充通知》维系了“确认持有收益”与“不确认持有收益”两种方法并存的局面。
第三，对于《内资改制规定》与 《股权投资通知》适用范围重叠的问题，《补充通知》通过将“股权转让”形式进行细分，来划分两个规范性文件各自的适用范围。具体来说，“股权转让”被分成（1）一般性股权买卖（不论是以股票形式还是以股份形式转让），（2）转让全资子公司以及持股95%以上的企业，（3）清算。其中，对于一般性股权转让，适用《股权投资通知》的不扣除持有收益的计算方法；对于清算或者转让持股95%以上子公司的股权，适用《内资改制规定》扣除持有收益的计算方法。
