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在西方国家，十三世纪以前，一般会诉诸神明裁判：既然非人力所能，就交给超自然力量进行裁判吧！神明裁判破产以后，一些欧洲国家针对事实不清的案件，专门设立了一种特殊的裁判种类，即暂时的无罪判决(absolutio ab instantia)。然而，如果承认犯罪嫌疑人并不必然就是犯罪人，那么，上述种种做法，实质上暗含了对无辜者权利的蔑视，并有意无意地将“不枉不纵”的大旗偏转为“宁枉不纵”。——此时，无辜者尽管并没有被完全等同于有罪之人，却不得不承担因不能证明自己无罪而产生的不利后果。因此，随着启蒙运动对个体权利的张扬，随着“每个人应当成为目的而不应作为手段”成为人本主义的道德底线，在刑事诉讼领域，由无罪推定原则合乎逻辑地得出了“有疑，有利被告”的处理方式。
在现代刑事诉讼制度中，“有疑，有利被告”是一项有关刑事司法裁判的重要原则。即，在犯罪事实不清时，该原则为司法裁判者指明了裁判的方向。具体而言，在事实问题上，如果已经穷尽了所能用的调查手段，仍然无法查清楚，就必须作有利于被告人的解释。
“有疑，有利被告原则”是控方负担证明责任的具体表现。在现代刑事诉讼中，对于指控的犯罪事实，原则上应当由控方承担证明责任；被告人尽管有权证明自己无罪，却并不负有证明自己无罪的义务。因此，经过法庭调查，如果犯罪事实不清、证据不足，理所当然应当由控方承受指控不能成立的不利后果，或者换个角度说，应当作有利于被告人的事实认定。因此，日本学者田口守一将该原则视为“现代刑事诉讼制度的铁则”。
一般而言，“有疑，有利被告原则”包含了三个方面的具体规则：一是，当罪与非罪存在疑问时，应当作无罪处理，即我国刑事诉讼法学通常所说的“疑罪从无”；二是，当罪轻与罪重存在疑问时，应当按轻罪定罪处罚，即“疑罪从轻”。三是，当存有疑问的事实属于量刑情节，则应当根据量刑情节的性质，作有利于被告人的认定。
显而易见，“有疑，有利被告原则”尽管针对的是司法裁判的事实难题，但是，该项原则解决问题的方式，却蕴含着尊重并保障无辜者权利的价值观念。而且，由于“有疑，有利被告原则”，不枉不纵的天平已经倾斜为“为了不枉，宁愿放纵”。
简言之，在上述规则和制度支撑下，在现代刑事诉讼中，查明事实真相的要求已经不再是空洞的口号，而是有着具体规则内容的法理念：在其他社会价值限定下，为了查明事实真相，不得不择手段、不计代价、不问是非；基于对认识能力局限性的承认，查明事实真相的要求，针对的仅仅是裁判有罪，至于无罪裁判，则并不要求必须以事实真相为基础。
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