然而，虽然环评法和相关规范性文件对环评报告书的内容及其编制方法作出了规定，但由于具体指导环评实践的规范涉及事项广泛、政出多门、方法各异，因此即使对同一项目进行环评并作出结论可能会因编制人员及其方法的不同而截然相反。而环评报告书中有关替代方案、积累影响分析、风险分析等的有效性问题，则是造成诸多环评审批纷争事例中公众不满环评结论的根本原因。另外，由于环评报告书的内容中载有大量的数字、公式和模型等，所以对普通公众而言，他们即使拿到环评报告书也只能对其内容一知半解。这样，当出现环评报告书审批结果与公众的愿望相左时，也会造成公众对环保部门的抵触情绪和不信任感。
　　以“深圳市深港西部通道侧接线工程环评报告书审批案”为例，环评报告书结论认为，深港西部通道（隧道）侧接线工程投入使用后，每日约有六万辆重型货柜机车的运行，因此产生的汽车尾气和交通运输噪声虽然超标，但与当地的环境质量相当，所以不会造成环境影响。而居住在隧道两端小区的利害关系人则对影响环评报告书结论的有关交通量的测算、替代方案、公众意见调查、隧道口设计等诸多技术和方法问题提出了质疑，认为正是因为环评报告书在编制时选取的参数和对象存在错误才最终导致环评结论的错误。而笔者认为，既然深港西部通道涉及深圳和香港两地，因此两地对有关交通流量的预测应当是一致的。为了打消公众的疑虑，为何深圳环保部门在审批环评报告书时不同时就香港方面为此作出环评报告书对交通流量的预测也一并予以比较呢？
　　再以“北京市颐和园周边高压输电线工程环评报告书审批案”为例，经补办的环评报告书结论认为，尽管电磁辐射可能致害问题受到沿途单位和居民的高度关注，但现有电磁辐射标准中并未有相应的要求和规定，高压输电线工程建设符合现行国家标准规定的要求。而利害关系人代表及其技术专家认为，所谓环评报告书符合有关法律、法规和标准的结论并不符合国家有关环境影响评价规范的要求和北京市保护京密饮水渠的地方性法规规定，因为无论在保护颐和园及其周边地区自然景观的协调性、保护京密饮水渠不受污染，还是在保护居民生命健康不受近在咫尺的电磁辐射长期低水平危害等直接涉及公众环境权益的问题方面，补办的环评报告书均没有对此予以真实反映。
　　值得一提的是，在上述两个典型环评审批纷争事例中，公众和利害关系人均提到了应当采用项目的替代方案来解决可能发生的环境影响或公众环境权益侵害。但是，所有提出的替代方案因涉及更多的资金投入等问题而在审批中遭到否决，环保部门最终批复同意的依然是项目的初选方案。

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