在出现以上这些情况时，对健全法制来说，主要的解决办法当然是修改原有法律或制度新的法律。但在法律适用过程中遇到这些情况又如何处理呢？很难设想：一个法院在受理一个在它管辖范围内的案件时，可以以它自己认为某一法律规定含糊不明为理由，而拒不作出判决。
从各国法制实践来看，在出现以上这些情况时，主要通过以下一些形式来进行实质推理。第一，通过司法机关对法律的精神进行解释（仅仅文字上解释一般不能列入实质推理范畴）；第二，提出新判例，修改或推翻前判例；第三，通过衡平法来补充普通法；第四，根据正义、公平等法律、伦理意识来作出判断；第五，根据习惯、法理（权威性法学著作中所阐述的学理）来作出判断；第六，根据国家的政策或法律的一般原则来作出决定。由于各国社会制度、历史文化传统的不同，采取的形式各有不同。在我法制实践中，法律适用过程中的实质推理形式，主要是司法机关对法律的精神进行解释，以及根据国家政策或法律的一般原则来作出判断。
在我国，全国人大常委会有权解释法律。但这种立法解释实际上很少使用，使用较多的是正式的司法解释，即由最高人民法院和最高人民检察院在审判和检察工作中就具体应用法律所进行的解释。此外，国务院及其主管部门对有关法规，省级人大常委会和人民政府对有关地方性法规，也都分别有权进行解释。在我国，国家的政策和法律的一般原则，实际上是党的有关政策通过“国家意志”的体现，一般都规定在法律中，成为法律本身的组成部分。《
民法通则》更明确规定：“民事活动必须遵守法律，法律没有规定的，应当遵守国家政策。”
实质推理过程中有两个值得注意的问题。第一个是关于法律推理中的非逻辑思维问题。非逻辑思维在人们思维活动中是存在的，而且在有些场合，例如对文艺创作或科学研究等活动，还具有相当重要的作用，但适用法律必须以事实为根据，以法律为准绳，它主要是一种理性的、严密的逻辑思维的活动，无论对形式推理或实质推理，都是一样的。
另一个值得注意的问题是必须慎重使用实质推理。如上所述，在法律适用过程中，实质推理在有的场合下是必不可少的，如果使用得当，它可以成为推动法律发展的一个重要形式。但这种推理形式意味着赋予执法、司法工作者在运用形式推理条件下所没有的权力，因而必须慎重地使用。执法、司法工作者本身应注意自我约束，更重要的是在制度上应加强对执法司法工作者在运用实质推理时的制约和监督，以防止他们滥用权力。
