针对各级地方药监部门对违法所得计算方式上的不统一，《中国医药报》曾于2003年11月29日组织专版讨论，其中观点有三：
一是没收违法所得不应扣除成本说。理由是“按照《
药品管理法》的规定，对当事人实施的违法行为中的药品是必须没收的，这里面就没有‘返还’其购进或制造这些药品所需的‘成本’的问题”。举个简单的例子来说，当事人花100元购进假药来卖，若尚未卖出，全部假药依法是必须没收的,则当事人100元的成本就不存在了；若他已售出一半收入80元,则余下未售出的药品依法没收,假如我们“没收违法所得”仅没收其“利润”，则只能没收30元，按此计算，当事人将假药卖出比尚未卖出便被查处的情况不仅少损失了20元，而且还赚了30元的孽利。“显然这样操作的结果是荒谬的”。
在这里，持此观点的人忽略了一个问题，那就是这位当事人对自己花100元购进假药品的行为在主观上是否明知和有无权力向他人追偿的问题。如果当事人在主观上明知其购进的是伪劣药品，药监部门除了没收违法所得外，还可以按照《
药品管理法》的相关规定对其处以罚款；对于没有将伪劣药品卖出的可以少罚，对已将药品卖出的可以多罚，对情节严重、造成社会危害的还可以依法追究其刑事责任。而对于在主观上不明知的当事人，则说明他们在药品购进渠道上是明确的，对于没有将伪劣药品卖出的当事人，虽然没收伪劣药品造成了其本金的损失，但他可以依据合法有效的处罚决定书向他的供货方追偿；而由于已将伪劣药品销售出去的当事人，虽然仅没收了其利润部分，而由于其损失较小，则只能就此较小的损失向他的供货方追偿。这里根本就不存在“操作结果荒谬的”问题。同时在主观上没有过错的当事人不应当蒙受损失和受到处罚也是我国民法和行政法立法原意的体现。
二是区别对待说。持此观点的人主张对“故意生产、销售假劣药品，全部销售金额为违法所得给予的没收，”对“无过错销售、使用假劣药品问题”的，“可以只没收‘差价’部分”。事实上持这种观点的人不仅混淆了生产假劣药品和销售假劣药品的概念，而且也把“违法所得”的含义按照自己的想象随意地作出缩限或扩大解释。要知道，“违法所得”作为行政处罚中的一个“术语”，其含义是要相对稳定的，其实施的范围也是要统一的。这种“区别对待”的观点貌似合理，在实质上仍然没能正确把握“违法所得”的含义。
