（二）执法思想原因：公、检二家“重配合、轻监督”的思想根深蒂固。
由于公、检二家多年来形成的惯例，特别是对一些存在证据瑕疵的案件，退查会影响公安机关的退查率，不起诉又会影响检察机关的不起诉率，因此公安机关将案件撤回是避免考核影响的最好办法，也是结案的最好选择。另外，不起诉决定程序复杂，又直接影响前期诉讼行为机关的评优评先，从这一点上说，没有监督和救济程序的“撤案”处理，最为“经济”。但由于撤案不在起诉部门的法定权限之内，故而采用建议公安撤案的方式，与公安机关通气协商。出于利益的考虑，公安机关也乐于接受检察院公诉部门的建议撤案函，并以此作出撤案决定。整个过程中，无论是起诉部门，还是公安机关都回避了法律规定的程序和权限。说到底，这是司法领域内公权机关之间的一种执法交易。因此，案件进入审查起诉阶段后，尽管检察机关只是建议撤案，表达的是一种倾向性意见，但这种建议权在终止诉讼的效力方面，与决定权并无二致。据统计，三年来该院建议公安撤案案件上百件，而公安机关对该院建议撤案提出异议的比例为零。
（三）现实原因：相当比例的案件在公安侦查终结移送审查起诉时达不到起诉标准，同时适用不起诉制度又受诸多制约。
公安机关侦查终结移送起诉的案件很多都未达到公诉的标准，突出表现为退回补充侦查的案件数量高居不下。三年来该院公诉阶段退补案件共427件815人，退补率分别为24％、31.7%。主要原因是许多重要证据甚至是定罪证据因在侦查阶段未及时提取，导致在公诉阶段因时过境迁而难以补充。据统计，在补充证据方面，公安机关以工作说明替代实质性侦查工作的达25％以上，其中内容为“无法查证”的工作说明竟达30％以上。
其次，不起诉权受到较多限制。一方面是内部制约，即不起诉决定必须经过一般案件的审查程序和不起诉案件的审批程序。法定不起诉必须提交检察长审批，相对不起诉和存疑不起诉要由检察长提请检委会讨论决定。如果意见存在分歧，则还要由检察长提请上一级检察院检委会审定。另一方面是外部制约，《
刑事诉讼法》第
144、
145条规定了公安机关、被害人、上级检察院和法院有权对检察院的不起诉决定进行监督。实践中，由于公安机关的侦查工作有不起诉率的硬性要求，不起诉决定将直接影响公安机关工作考核的结果，同时不起诉将会影响检察机关的不起诉率，所以，公安机关将案件撤回是避免考核成绩不好的最好办法，也是结案的最好选择。另外，根据《
国家赔偿法》和《人民检察院刑事赔偿工作规定》，检察院作出不起诉决定后还将面临刑事赔偿的风险[5]。
