目前检察机关实践中对疑案处理通常的做法有两种，一种是根据我国《
刑事诉讼法》第
140条第4款之规定，对犯罪嫌疑人做存疑不起诉；第二种是对部分疑案建议公安机关撤案，其理由与存疑不诉如出一辙。但此种做法目前法律上没有依据，属实践中变通的做法。笔者认为，要求撤回应属于公安机关的权限，不应允许有检察机关裁量。至于建议撤回也不可取，因为检察机关应进行消极地撤回审查而非主动要求。那么为什么会有第二种处理方式呢？笔者认为这体现出现实与法律的冲突。目前由于社会治安问题突出，刑事发案率较高，检察机关作为控诉机关，其追诉犯罪、打击犯罪的职能作用突出，如若对所有疑案按法律规定均做了存疑不诉，会在一定程度上承担打击不力的负面影响。同时在实践中，外部监督机关将无罪判决和带有无罪性质的存疑不诉决定作为衡量公诉质量高低的标准，如被判决无罪的案件多或存疑案件多就会在社会中产生案件质量不高，打击犯罪不力的影响。因上述现实因素，检察机关在处理疑案时慎而又慎。而在侦查机关这一方面，其在考查侦查人员办案质量时，将由检察机关做了不诉决定的刑事案件认为是承办人员有办案质量问题，在此案件质量评价机制下，侦查机关承办人希望检察机关尽量减少不诉案件数量。综合上述因素，使得疑案的处理在公检机关内部形成了一个默契的作法，即以建议公安机关撤案的方式，使部分疑案在两个机关内部得到解决[3]。司法实践中，检察机关对证据存疑，不符合起诉标准的案件和依法不追究刑事责任的案件建议公安机关撤回被普遍认为是检察机关坚持案件起诉标准，确保案件质量的一个做法。但笔者认为，司法权是程序性权力，非依诉讼程序行使，既失尊严，又易生随意和疏漏。检察机关建议撤案无法律依据，又是针对职权事务，可以说是一种“法外司法”的行为，既不规范，又不严肃，因此，对这一做法进行规范是目前检察机关和公安机关急需解决的重要课题。
问题三：公诉阶段公安撤案剥夺了犯罪嫌疑人和被害人哪些权利？——导致个案刑事诉讼程序无限延长，损害了犯罪嫌疑人和被害人合法权益，剥夺了其救济权和求偿权。
首先，由于对公诉阶段公安机关撤案没有明文规定，对撤案的时间、次数、撤回后处理等问题也没有法律限制，公安撤案可以反复使用，从而导致个案刑事诉讼程序被无限延伸，于是形成这样一个循环：公安机关移送案件——检察机关审查起诉——公安机关撤回案件——公安机关重新移送——检察机关重新审查。这样，程序的无限延伸不仅加大了诉讼成本，也加深了公众对程序正义的信任危机。
其次对犯罪嫌疑人来说，他们在刑事诉讼程序中，有权得到合理、及时的判决。如果公安机关撤回案件，无形之中加长其等待判决的时间。同时犯罪嫌疑人强制措施特别是已羁押的期限也将会随之延长，这种隐性的超期羁押严重损害了其合法的诉讼权益。此外，根据《
国家赔偿法》和《人民检察院刑事赔偿工作规范》，对已经逮捕的犯罪嫌疑人，检察院作出法定不起诉决定的，犯罪嫌疑人有权提请国家赔偿；作出存疑不起诉的，经审查逮捕确有错误的，犯罪嫌疑人也有权提请国家赔偿。因此公安机关一旦撤案，实际上也就剥夺了犯罪嫌疑人请求国家赔偿的权利。
