（4）1997年7月10日修订的《入境条例（第3号）修正》规定，身在内地的香港永久性居民必须获得内地公安部门颁发的证件才能进入香港的规定与
《基本法》抵触而无效。
香港终审法院于1999年1月29日作出终审判决，判决词的要点如下：[17]
（1）
关于宪法性管辖权（constitutional jurisdiction of the courts）
“在我们看来，很重要的一点是我们必须首先声明，香港特别行政区各级法院拥有
宪法性管辖权。……尽管这一点未被质疑，我们仍认为借此良机将其明确化是合适的，即，在行使这一司法管辖权时，法院饰演着由
《基本法》所授予的
宪法性角色，对政府的立法机构和行政机构之行为进行
宪法性审查，以确保其与
《基本法》相一致。具有争议的是，特别行政区法院能否审查全国人民代表大会或其常务委员会的立法行为是否与
《基本法》相一致，以及如果发现不一致能否宣布它们无效。在我们看来，特区法院确实具有这一管辖权并且负有义务在发现不一致时宣布此等法律无效。”
（2）解释
《基本法》的方法（approach to interpretation of the Basic Law）
《基本法》是为了贯彻“一国两制”原则而制定的
宪法性文件。它使用了丰富而概括的语言，是为了适应不断变化的需要和情形的一个灵活的工具。因此，我们必须接受的一点是对
《基本法》的解释必须采用目的性解释的方法。法庭应考虑的是制定法律的目的和它的相关条文，同时还要从背景角度考虑文本中所使用的语言，在对
宪法性文件进行解释的时候，背景尤其重要，它不仅指例如《联合声明》等必不可少的材料，还要考虑到传统所赋予法律语言的特殊含义。
根据
《基本法》第
一百五十八条，香港法院有权在审理案件时解释
《基本法》。如果某一条款同时符合“类别条件”（涉及中央管理的事务或与中央和地方的关系有关）和“有需要条件”（终审法院认为对上述条款的理解会影响案件的判决）时，应由终审法院在作出不可上诉的终审判决之前请全国人大常委会对有关条款作出解释，且惟独终审法院才可决定某条款是否符合上述两个条件。
（3）关于《人民入境条例（第3号）修正》（the No 3 Ordiance issue）
该条例要求身在内地的永久性居民必须获得内地公安部门颁发的证件才能进入香港，违反
《基本法》中毫无保留地将居留权授予香港永久性居民的规定，造成对永久性居民的歧视对待。因此，“居权证必须附着于有效的旅行证件之上”的条款违宪无效。
《人民入境条例（第3号）修正》具有溯及效力，违反《公民权利和政治权利国际公约》第十五条第一款；而该公约由
《基本法》第
三十九条明文规定为在香港施行之任何法律不得与其相抵触。该条例的溯及力条款违宪无效。
（4）关于《人民入境条例（第2号）修正》（the wedlock issue）
相关规定采取了性别歧视的标准来判断非婚生子女的永久性居民身份，有违
《基本法》第
二十五条和《公民权利和政治权利国际公约》第三条[18]、第二十六条[19]，此种基于性别的区分违宪无效。
终审法院宣布四名儿童自1997年7月1日起即根据
《基本法》第
二十四条第二款第三项成为香港特别行政区永久性居民并享有居留权。
（二）关于终审法院判决的若干法律争议
香港终审法院的判决词一经发布，便在香港和内地掀起了轩然大波。在法律上存在争议的主要问题有：
（1）香港法院是否有“
宪法性管辖权”
在判决书中，法官们认为终审法院享有“
宪法性管辖权”（Constitutional Jurisdiction）是对香港“司法独立”的最大保障。对司法审查范围的限制只能来自
《基本法》的明文规定，例如
《基本法》第
十九条所规定的“香港特别行政区法院对国防、外交等国家行为无管辖权。”
