在原则要求上的冲突。上市公司信息披露应遵循的原则要求有真实性原则、完整性原则、准确性原则、及时性原则以及公平披露原则。其中的完整原则就是要求必须对信息的所有方面进行周密、全面、充分的揭示，就会有涉及商业秘密的披露与否。而商业秘密的保护本身也需要一以贯之的进行完整全面的维护。特别是社会越发展，一些情报分析技术的进步，情报人员可以通过一些细小信息推测竞争对手商业秘密，更导致各个企业对自身信息的控制与保密。如何协调二者之间的原则要求也成为一个需要考虑的问题。
三、上市公司信息披露与商业秘密保护冲突的根源
保护投资者利益是各国证券立法和司法实践的追求目标之一。我国过去在证券市场的监管领域中主要是采用刑事、行政的方式惩罚违反信息披露法律规范的责任人，但是越来越多的受侵害投资者已开始提起民事赔偿的诉讼，而最高人民法院也于2002年1月15日发布了《关于
受理证券市场因虚假陈述引发的民事侵权纠纷案件有关问题的通知》。在英美法系中，虚假陈述救济的
合同法基础是普通法的救济途径之一，但由于合同具有相对性，该理论可以适用于证券发行和收购要约，却不能运用于大量存在的二级市场持续性披露责任；受害投资者还可以提出侵权法上的损害赔偿请求，以侵权法作为理论基础虽然有力地保障了二级交易市场投资者的利益，却加重了原告必须证明被告虚假陈述的主观心态，自己对于虚假陈述的信赖关系等，加重了原告的举证责任。于是在
证券法的理论上发展出了法定民事责任，即通过立法方式明确规定虚假陈述民事责任的具体制度于适用，而不再通过
合同法或侵权法作一次次的演绎推理。这一突破减轻了原告的举证责任，使信赖关系和因果关系成为一种对事实状态的推定或假定，实质性地减轻了原告的举证责任，使信息披露民事责任制度真正具备了提供损害赔偿救济的现实基础。作为投资者在受害的情况下，获得救济的权利是一种派生的权利，是由于对于原权利的侵害派生而来。那么投资者的原权利又是什么呢？应该是一种股东的知情权。上市公司发行股票，其股票本身即为一种特殊的有价证券。而购买股票则享有股东权，它包括股利分配请求权、剩余财产分配请求权以及知情权、表决权、股东的代表诉讼提起权等。股东知情权是指为了保护股东尤其是中小股东的利益，由法律强制规定股东由要求公司提供公司信息的权利。
保护商业秘密的理论包括侵权法理论、
合同法理论、合理限制竞争理论、反不正当竞争理论以及财产权理论。如商业秘密保护的反不正当竞争理论，认为商业秘密权是对不正当竞争行为的禁止权，是维持市场正常竞争秩序需要产生的权利。我国反不正当竞争法第一条规定“为保证社会主义市场经济健康发展，鼓励和保护公平竞争，制止不正当竞争行为，保护经营者和消费者的合法权益，制定本法。”保护商业秘密是
反不正当竞争法维护的反不正当竞争权之一。保护商业秘密的财产权理论认为，商业秘密是一种无形财产、具有价值和使用价值，在现代社会中对竞争中的工商企业有着越来越大的作用。发达国家要求保护其商业秘密最有力的理论，在于财产权理论。可见，对于一个公司而言，保护商业秘密是每一个在市场竞争中的企业都享有的一种财产权利，因为商业秘密本身即可以为企业带来利益。一旦选择了发行股票，上市融资的方式，其权利就要受到来自投资者知情权的限制。作为投资者，只有在全面了解公司的财务经营状况下才能作出是否投资，投资多少的判断。上市公司信息披露制度与商业秘密保护制度之间存在的矛盾冲突的实质即是利益不可兼得。从上市公司的角度来看，就是要兼顾上市融资与保护商业秘密，其所获得的收益必然存在着冲突。而从上市公司与投资者之间的关系来看，二者所享有的法律权利，即商业秘密权与股东信息权之间存在着冲突。因此上市公司信息披露制度与商业秘密保护制度的冲突，从法理的角度来看就是一种股东信息权与公司的商业秘密权之间的冲突。
