其二，权利的行使与效率。美国制新度经济学派的代表人物科斯认为，合法权利的初始界定会对经济运行的效率产生影响，权利的一种安排会比另一种安排产生更多的价值。 既然如此，立法者在为社会成员配置权利时就应当考虑何种配置方案将会实现效益最大化。权利的配置通常需要考虑三个方面的因素：权利的主体、权利的范围以及权利的期限。其中第三种因素是在设计诉讼时效制度时应当予以考虑的。一项权利如果长期不行使，必然不利于充分发挥作为该权利标的物的财产的效用，因为财产只有经过流通才能从效益较低的地方转移到效益较高的地方，从而实现资源的优化配置。另一方面，效益不仅是实体法所追求的价值，也是程序法的基本价值之一。程序效益包括两个基本要素：程序成本与程序收益。其中程序成本指程序主体在实施诉讼行为过程中所耗费的人力、物力、财力和时间等司法资源的总和。 权利不行使的状态持续一段时间，往往会导致相关的证据灭失或难以查找，从而使案件事实的认定变得十分困难， 即使能够认定，也要耗费大量的人力、物力、财力以及时间，使程序成本增高，从而降低程序效益。
其三，权利的行使与公平。如果权利人长期不向义务人主张其权利，那么义务人将会陷入极为不利的境地。一方面，义务人无法确定权利人是否将会向其主张权利，从而不得不长期处于一种不安的等待状态之中，不敢轻易对其财产进行处分，这对其不太公平；另一方面，由于案件已经发生多年，义务人难以提出相关证据来对抗权利人的诉讼主张，这样，在诉讼中，他将与权利人处于不平等的地位。
显然，如果权利人不积极行使权利，那么将会损及秩序、效率以及公平等法价值。于此情形，自由与秩序、效率、公平等法价值产生冲突。我们不妨将这些与某一项权利相关的法价值及其冲突关系称为权利的价值结构。不同的民事权利往往具有不同的价值结构，有些民事权利对权利人的自由具有特别重要的意义，有些民事权利对权利人的自由则不具有如此重要的意义，而这些权利若不及时行使又会严重损害秩序、效率、公平等法价值。权利的价值结构直接决定了该权利的保护程度、保护方式及法律对其限制的程度。诉讼时效是对民事权利的一种限制手段，在设计诉讼时效制度时，必须对各种民事权利的价值结构进行考察，以确定哪些民事权利应当受诉讼时效的拘束以及时效期间的长短。
在民法领域，除了诉讼时效之外，还有取得时效。这两种时效制度存在一定的分工，我们认为其分工的主要依据就是权利的价值结构，具体分析如下：
与取得时效相比，诉讼时效对权利人行使权利的限制程度更高一些。取得时效的适用要求当事人对标的物的占有必须是和平、公然、持续的，如果要取得所有权，还必须是以所有的意思对标的物进行占有， 有些国家民法甚至还要求占有人必须是善意的，如《德国民法典》第937条，《日本民法典》第162条第2项。而诉讼时效的适用对权利人不行使权利之行为形态并无特别要求。这意味着在法定期间相同的情况下，当事人依取得时效取得权利的难度比依诉讼时效对抗权利人之权利主张的难度更大，反过来说，权利人因取得时效而丧失权利的可能性比因诉讼时效而丧失权利的可能性更小。更何况，在很多情形中，诉讼时效的期间比取得时效的期间更短一些。在我国，《
民法通则》规定的普通诉讼时效期间是两年， 《民法（草案）》总则编第99条规定的普通诉讼时效期间也只有三年。在德国、瑞士、日本等国，尽管普通消灭时效期间比较长，但是其民法典都规定很多权利适用一年、两年或三年的短期时效， 而取得时效的期间都比较长，有规定十年的，也有规定二十年的，甚至有规定三十年的。由此可见，诉讼时效对时间的要求比取得时效对时间的要求更低一些，也就是说，在诉讼时效制度下，权利人可行使权利的时间比较短，这对权利人而言显然也是不利的。诉讼时效与取得时效对权利行使限制程度的高低对其适用范围的确定有重要意义。既然诉讼时效对权利行使的限制比较严厉，那么其适用的对象就不应当包括那些比较重要的权利，或者说那些对权利人的自由具有比较重要意义的权利。这些权利应当适用比较温和的取得时效制度，这样才能使各方利益保持均衡。就物权与债权这两种财产权而言，从整体上看物权显然比债权更为重要，在财产权体系中，物权处于基础地位，它是债权的出发点与归宿，物权的得失往往直接影响到权利人的基本自由。因此，债权可适用诉讼时效，而物权则不应适用诉讼时效。
