挪用公款行为在此阶段始终在一般性的行政处罚和构成贪污犯罪之间摇摆不定，即便在明知作为一般性的行政处罚不能满足现实治理需求和作为以贪污论处不合理的情形下，也只是围绕这两个处理方式在不断的解释、再解释，并未从根本上解决这一司法矛盾。同时，“两高”两次对挪用公款行为的司法解释，将这一问题推向极至，立法机关再也不能回避该问题，不得不对挪用公款行为的处理问题做出立法的回应。这样，挪用公款罪作为一个独立的罪名应运而生。
二、诞生阶段
挪用公款构成犯罪的一系列理论与实践问题，加之理论界对“两高”的司法解释也是颇有微词，有些学者甚至指责，“两高”的这两次司法解释侵入了立法领域，超越了权限，实属违法行为。在这种情况下，全国人大法工委对此作出迅速反映，在系统总结挪用公款以贪污论处的司法实践经验和广泛听取刑法学界人士意见的基础上，比照1982年的《补充规定（草案）》进行较大的修改与补充，于1987年11月也就是在“两高”下发《意见》后的7个月，向全国人大常委会提交审议新的有关补充规定的草案。这一草案既不同于1982年的《补充规定（草案）》，也不同于人大常委会后来通过的《
关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》，提交的新草案规定：“国家工作人员、集体经济组织工作人员或其他经手、管理公共财物的人员，利用职权或者工作便利、营利活动的，以贪污论处。”但是，在对草案评议和审议的过程中，人大常委会认真听取了有关司法部门和理论界人士的意见，认为挪用公款具有相对独立的法律特征和社会危害性，以贪污论处不妥，应在
刑法中单独成立新的罪名。另外，还修改了草案中“利用工作便利”和“超过6个月”的法律用语，使得挪用公款犯罪的规定更加的科学化。经过充分的讨论、酝酿和审议，1988年1月21日六届全国人民代表大会常务委员会第２４次会议通过并颁布了《关于
惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》（下称《补充规定》）。《补充规定》第3条增设了挪用公款罪，其中第一款规定：“国家工作人员、集体经济组织工作人员或者其他经手、管理公共财物的人员，利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过３个月未还的，是挪用公款罪，处５年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额较大不退还的，以贪污论处。”第二款规定：“挪用救灾、抢险、防讯、优抚、救济款物归个人使用的，从重处罚。”第三款规定：“挪用公款进行非法活动构成其他罪的，依照数罪并罚的规定处罚。”应该说，《补充规定》是挪用公款罪发展史上的一个崭新的里程碑，它标志着挪用公款罪从孕育到诞生，也标志着挪用公款罪日趋完善。
《补充规定》为司法部门依法惩治挪用公款提供了明确的立法依据。它是我国刑法界有关挪用公款犯罪争鸣的产物，同时也进一步推动了该罪在理论研究方面的深入。但是，在《补充规定》公布与施行后不久，各地法院和检察院纷纷要求“两高”对司法实践中存在的一系列问题进行司法解释。这些问题主要集中在《补充规定》与“两高”早先下发的司法解释的冲突及适用问题。例如，挪用公款罪的数额标准，是否适用“两高”司法解释的规定？“两高”司法解释中强调的挪用公款在案发前已归还的，不认为是犯罪或应从轻、减轻或免除处罚是否还适用？针对司法实践中存在的种种问题，“两高”于1988年下半年开始起草具体执行《补充规定》的问题解答，历时1年多时间的反复征求意见和认真研究讨论，1989年11月6日，“两高”联合发布了《
关于执行＜关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定＞若干问题的解答》。该解答根据《补充规定》中有关挪用公款罪的立法规定，就司法实践中反映的较为集中的六大问题进行了解释与说明，使得挪用公款罪在今后的司法实践中得到更好的运用。
