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需要特别说明的是：由于候审羁押是逮捕后的强制措施 ，所以，羁押的司法授权是以犯罪嫌疑人已被逮捕为基础的，因为羁押的适用会造成对公民人身自由较长期限的限制，所以在审查时做比其他强制性措施更为严格的要求是有必要的也是有可能的。因此，对羁押的司法授权程序应特别设计。这样，司法授权程序就可以分为两种：羁押以外的一般司法授权程序和适用于羁押的羁押司法授权程序。
一般司法授权程序：侦控机关在收集初步证据的基础上，向法院提出申请，并应当提出相应证据证明采取该项措施或行为的合法性、必要性和相当性。但对该证明标准不宜做太高要求。由法院书面审查后，做出签发令状或驳回申请的裁定。
羁押司法授权程序：侦控机关在收集一定证据的基础上，认为需要羁押犯罪嫌疑人的，应当向法院提出羁押请求。司法审查机构在申请羁押的侦控机关和犯罪嫌疑人及其辩护人 双方出庭的情况下开庭听证，侦控机关应当证明羁押的合法性、必要性和相当性，犯罪嫌疑人及其辩护人可举证反驳，法庭通过言辞审理的方式，最后做出许可羁押的司法授权或驳回羁押申请的裁定。
（2）司法救济程序
司法救济程序的启动是以犯罪嫌疑人、被告人对已采取的特定强制措施或侦查行为有异议为前提的。如果说仅将事先司法授权的适用范围限定于具有关涉公民权利的重大性、侵犯基本人权重大可能性特点的重度强制性措施、秘密侦查行为和技术性侦查手段的适用，是出于追诉犯罪，利于侦查的考虑；而将事后司法审查即司法救济的适用范围扩及到所有的强制性措施的适用则是出于犯罪嫌疑人、被告人人权保障的考虑。这样，在司法审查制度的设计上，便实现了惩罚犯罪和保障人权这两项刑事诉讼目的的有机统一。
司法救济程序所遵循的原则除了前文已论及的合法性、必要性、相当性三原则外，还必须贯彻听证原则、被动性原则（法院对候审羁押的职权性司法复查除外）、回避原则。听证原则即司法救济程序必须以开庭听证的方式进行，在充分听取双方意见的基础上做出裁定。被动性原则是指司法救济程序的启动须以犯罪嫌疑人、被告人提起司法救济请求为前提。因为国家权力的运行具有假设的合法性，如果当事人不提出异议即推定为合法，这是出于诉讼效率方面的考虑。而法院对候审羁押的职权性司法复查，是因为羁押会对公民人身自由造成的较长期限的限制，考虑到超期羁押已成我国刑事司法的顽症之一，因此需要对其从严掌握。回避原则是指针对已经过司法授权程序的事项启动司法救济程序时，参加过司法授权程序的法官应当回避，这是为了避免法官主观因素的影响或某种利益上的牵连，给当事人提供一种形式上更为客观、公正的救济。
司法救济程序可以设计为：犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人对已采取的强制措施有异议，请求法院予以撤消或变更，司法审查机构应当开庭，原申请司法授权或自行决定实施的侦控机关、犯罪嫌疑人及其辩护人应当出庭，侦控机关机关应当证明采取该项强制性措施的合法性、必要性和相当性，犯罪嫌疑人及其辩护人可以举证反驳，法庭通过言辞审理的方式，最后做出维持、变更或撤消裁定。
对羁押的复查程序可以设计为：已被羁押的犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人可以提出复查请求，司法审查机构通过开庭的方式，听取原申请候审羁押的侦控机关和犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人双方的意见，对羁押的合法性与适当性进行复查；对于没有聘请辩护人的犯罪嫌疑人、被告人，法院应定期的（可考虑羁押每满两月复查一次）通过询问犯罪嫌疑人、被告人的方式进行职权性复查。
（3）公诉司法审查程序
公诉司法审查程序应当贯彻的原则有听证原则、程序必经原则、程序终结原则。听证原则是指在公诉的司法审查程序中，做出公诉决定的检察院和被起诉人及其辩护人应当出庭，法庭通过言辞审理做出准许提交审判或驳回公诉的裁决；程序必经原则是指公诉的司法审查程序为案件进入审判程序的必经程序，只有经过法庭的司法审查并做出准许提交审判的裁决后，案件才能进入审判程序；程序终结原则是指公诉的司法审查程序对于案件具有终结诉讼程序的效力，即在法庭第二次 做出驳回公诉的裁决后，检察院不得就同一案件再行起诉。
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