然而我国公司法制定于1993年。1992左右，中国实行政企分开、深化市场经济的改革才刚刚开始，原有计划经济体制下政府机关办企业，企业对主管机关负责的思路的扭转，特别是主管机关对国有企业的放开有一个渐进的过程。反映到《
公司法》中，立法者一方面确立了公司法人制度，另一方面仍然保留了原有企业主管机关一定的权力，由主管机关负责清算便是突出表现。可是“现代企业制度”要求的“政企分开”成为大势所趋。1995年深圳就颁布了《深圳市企业无行政主管部门改革实施方法》（以下称《办法》）。根据该《办法》，“党政机关今后不准再办企业，市区两级党的机关人大机关，司法机关和政府机关与挂靠企业解除挂靠，取消行政隶属关系”。
而“主管部门”职能的转变正是这种分离的必然结果。主管部门长期以来拥有对企业设立的许可权。而这种许可权是与“企业——政府机构”的隶属关系、政府机构对行业的管理权限合为一体的。“政企分离”的结果就要让行政机关退出企业的经营活动，使企业脱离行政隶属关系而仅以法律和经济手段加强对行业的间接管理。正如《办法》指出的，实行企业无主管部门改革后，政府职能“要从直接管理企业转向间接管理和调控，从行政审批、行政管理为主转向法制和经济手段为主，从直接兴办企业转向全行业的管理和服务。加强宏观调控，以产业等政策引导企业，不直接干预企业生产经营活动”。这种职能的转变使得企业法人的设立不再需要行政主管部门签署意见，《
公司法》对公司设立的法定要件就是唯一要求。
其中，典型的就是有限责任公司的设立。我国对有限责任公司采取的是“准则主义”，即申请人只需以法律预先规定的公司成立、取得法人资格要件自行对照，只要符合条件就可申请注册。负责管理的行政部门——工商行政管理机关在给予注册前，并不对申请文件进行实质审查。可见，根据权责相符的原则，行政管理机关对成立后的公司就不存在上级对下级经营行为后果的责任承担问题。
至于股份有限责任公司，由于我国采取的是“审批主义”，根据
公司法第
77条，其设立必须经过国务院授权的部门或者省级人民政府批准。因此，有学者认为，股份有限责任公司在责令解散后，应该由当初批准其成立的审批部门负责组织清算。 对此笔者认为值得商榷。《
公司法》对股份有限责任公司的成立采取“审批主义”，是由于
公司法制定初期，我国经济生活中股份公司的形式才刚刚起步，并且组建这类企业法人的技术要求高，难度大，相应的社会影响面也大，因而需要加以一定限制。采取“审批主义”正是为了保证我国市场上股份有限责任公司成立的有序化、规范化。可见审批制的出发点仍然是保证政府对市场的宏观调控和经济秩序的安全稳定，并没有以股份公司的微观利益为保护对象，更没有强调有关行政部门应对股份有限责任公司的经营活动的后果承担相应的民事责任。根据《
公司法》第
220条有关审批部门及其工作人员责任的规定， 首先“有关主管部门”批准设立的依据仍然是“本法规定的条件”，而不是易变的行政政策或领导人决策；其次，“有关主管部门”只有在违反法定条件批准公司设立申请的情况下，才承担法律责任。该法律责任表现为接受行政处分和刑事处罚，是公法上的责任，而不是私法上的民事责任。所以这里的“有关主管部门”并不是计划经济意义下的上级领导机关，其实质是行政管理机关，其遵循的是“依法行政”的原则。作为行政管理关系中的行政主体，它与行政相对人——股份有限责任公司之间只有管理与被管理的关系，不存在行政隶属关系。所以无论是股份有限公司采取“审批主义”的初衷还是
公司法对公司有关“主管部门”的定性，都反映出
公司法中的股份有限责任公司也不存在所谓的主管部门对其进行领导。
