其次，对于检察机关担当自诉的情况。所谓担当自诉，是指自诉程序开始后,被害人可能由于本身出现某些特殊情况,无法正常进行其诉讼行为。这时,国家应当本着维护被害人合法权益的原则, 由检察机关出面担当自诉,替代被害人行使支持控诉的职能，使已经开始的诉讼程序得以继续进行下去。对此，台湾“刑诉法”作出了规定，并列举了检察院担当自诉的原因包括:（1）告诉或请求乃论之罪的自诉人经合法传唤,无正当理由而不到庭,或到庭后不作陈述,视为撤回自诉。但法院如果认为必要,可以通知检察院担当诉讼；（2）自诉人在辩论程序终结前,丧失行为能力或者死亡；（3）自诉人因事实上的原因如服兵役、远赴国外等,而无法到庭。可见，担当自诉与被害人因受强制、威吓无法告诉时由检察机关起诉具有不同的含义。后者适用于被害人因某种障碍不能起诉或因该案的特殊意义需要由检察机关提出控诉的情况,经检察官起诉后,案件转为公诉案件,被害人丧失起诉资格；而自诉担当则不同,它适用于自诉程序已经启动而被害人自己不能或不愿继续已开始之诉讼行为的情况,检察机关担当自诉并不因此而取代被害人的原告地位,案件也并不因此转化为公诉案件,在符合法定条件即被害人能够或者愿意继续诉讼时,检察机关应当退出自诉程序,由原自诉人继续进行诉讼。
对于自诉转公诉的两种情形，我国只规定了检察机关对自诉案件提起公诉的情况，而没有规定检察院的担当自诉制度。具体说来：
第一，对于告诉才处理的案件，被害人在是否起诉问题上享有排他的选择权，如果被害人是自愿放弃自己的诉权，即使公诉权也能横加干涉；如果被害人受到强制、威吓等因素无法行使诉权，我国《
刑法》第
98条规定， “本法所称告诉才处理，是指被害人告诉才处理。如果被害人因受强制、威吓无法告诉的，人民检察院和被害人的近亲属也可以告诉。”从而确立了告诉才处理案件检察机关的干预权力。但如果由人民检察院代为告诉，此时是按照公诉程序还是按照自诉程序处理，
刑法存在疏漏没有规定，笔者认为，基于检察机关的性质，这时案件应当按照公诉程序处理为宜，被害人相对于公诉人来说处于辅助的地位。
第二，对于被害人有证据证明的轻微刑事案件，在性质上不同于告诉才处理的案件，它们不是纯粹的自诉案件，而是公诉案件与自诉案件的交叉与结合，公诉权与自诉权是并行存在的，即使被害人没有要求追诉犯罪，国家公诉机关也可以主动地追究犯罪、推进公诉。对此国家“六机关”《
关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》第
四条明确规定，在被害人有证据证明的轻微刑事案件中，“被害人直接向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理，对于其中证据不足、可由公安机关受理的，应当移送公安机关立案侦查。被害人向公安机关控告的，公安机关应当受理。”从而确立了对于“被害人有证据证明的轻微刑事案件”，被害人提出控告时公安机关“应当受理”，公安机关可以取代被害人的位置直接进行公诉的原则。
但是按照公安部修正后的《
公安机关办理刑事案件程序规定》第
一百五十五条和第
一百六十条的规定，公安机关对于公民扭送、报案、控告、举报或者犯罪嫌疑人自首的，都应当立即接受，问明情况，并制作笔录，但是“经过审查，对于告诉才处理的案件和被害人有证据证明的轻微刑事案件，应当将案件材料和有关证据送交有管辖权的人民法院，并告知当事人向人民法院起诉。”这明确与“六机关”的《
关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》第
四条的精神相矛盾，因为按照“六机关”《规定》的要求，“被害人向公安机关控告的，公安机关应当受理”，而并没有要求一律“应当”将案件直接移交法院并按照自诉程序处理。而按照公安部的这一规定，事实上是将所有“告诉才处理的案件”和“被害人有证据证明的轻微刑事案件”都推卸了给法院，放弃了在必要时进行侦查、按照公诉程序追究犯罪的责任。在本节开始部分列举的案例三，就反映了这方面的问题，即使是轻伤害案件，公安派出所也应受理，并采取适当的强制措施，而不能以属于自诉案件为由推给法院，最后导致犯罪人逃跑，受到重伤害的被害人权益无法保障。
2．关于公诉转自诉。
公诉转自诉是指本属于公诉的案件，允许被害人直接向法院提起自诉，它事实上反映被害人自诉权对于国家公诉权的强有力制约。对此，台湾“刑诉法”仅适用于告诉乃论之犯罪，对于这类犯罪，经犯罪之直接被害人在检察官开始侦查后始提起自诉者，检察官均应立即停止，将案件移送法院。这是为了尊重当事人的意思表示，公诉转自诉出现在台湾公诉与自诉二元制的起诉模式之下，是非常特殊的情形。
