被害人拥有独立的自诉权，对于全面保护被害人的合法权益具有独特的重要作用：
第一，犯罪发生以后，检察机关的公诉权和被害人的自诉权都有独立存在的价值。被害人的权益在受到侵害之后，如单纯地采取“以
刑法为主”的保护方法或者拘泥于自诉本身必然造成权利保护的不完整——单纯强调和依靠公诉的力量，不利于充分保护被害人的个体利益，也无助于司法资源的合理利用；而纯粹依赖被害人的自诉权，显然不足以满足惩治犯罪的需要。因此，在坚持公诉为主的情况下，发挥自诉程序的作用，利用被害人的自诉权充分保护被害人的个体利益，也就是说，“在审判权的强制推进中主张并承认当事人的合意的正当性与效力。该种合意是当事人自身的权利要求，只要不违背公序良俗，那么在观念上、制度上就要予以认可和接受”。
第二，被害人作为犯罪危害后果的直接承受者，基于复仇与获得赔偿的心理，有追究犯罪人刑事责任的内驱力。自国家实行以诉讼方式追究犯罪，逐步限制乃至禁止私相复仇后，被害人已失去对犯罪人直接报复的权力，在此情况下，代之以自诉权作为补偿，使他们能在特定案件中直接向审判机关控告犯罪，这对于保护被害人的个体利益来说是一种必要的手段。尽管现代世界各国被害人的自诉权在逐步萎缩，但在轻微刑事案件中被害人自诉权的益处是不可替代的，允许行使方式较为灵活的自诉权作为公诉权的补充而存在，更能符合千变万化的案件的需要。
最后，被害人的自诉权公诉权有助于对公诉权进行监督和弥补。公诉权从本质上讲是一种官僚权力，天性具有僵硬、机械、保守和形式主义的弊端，检察官作为国家的代表诉追犯罪时,由于其自身与案件并无直接利害关系,在缺乏利益驱动机制的情况下可能怠于行使公诉权，或者由于所处地位不同，多从社会公益与国家秩序的角度考虑追究犯罪人的刑事责任，对被害人的具体要求和所处状况则甚少顾及，在这些情况下，被害人的自身利益都会受到不同程度的损害。授予被害人对于特地案件的独立的自诉权，不取决于公诉机关的意志，可以对国家机关的公诉权发挥监督、制约的作用。
三、自诉案件的范围
在保留自诉程序的国家，被害人可以直接行使自诉权的案件要受到一定的限制，自诉案件被控制在适当的范围之内。基于自诉程序的特殊性，各国在确立自诉案件范围时一般要考虑以下几项因素：一是允许自诉的案件必须是性质不太严重，对社会造成危害不大的轻微刑事犯罪，对于这些犯罪不会因将起诉权交给被害人行使而导致放纵犯罪；二是允许自诉的案件侵犯的主要是公民个人利益，对于严重危害国家或社会利益的不包括在内；三是允许自诉的案件必须是被害人依靠个人力量所能承担的，不需要国家专门机关的复杂侦查就能够查明事实，被害人有能力履行举证，否则如果超出被害人诉讼能力的范围，会导致立法资源的浪费，在实践中也无法实行。
对此，德国《
刑事诉讼法》第
374条规定，对于下列之一的犯罪行为，被害人可以通过自诉途径予以追究，无需事先告诉检察院：（1）非法侵入罪(
刑法第
123条)，（2）不是针对《刑法典》第194条第四款所指政治团体的侮辱罪(
刑法第
185条至第
187条ａ、第
189条)，（3）侵犯通信秘密罪(
刑法第
202条)，（4）伤害罪(
刑法第
223条、第223ａ条、第
230条)，（5）威胁罪(
刑法第
241条)，（6）损坏财产罪(
刑法第
303条)，（7）《反不当竞争法》以及《
专利法》、《实用新型
专利法》、《半导体保护法》、《濒危动、植物保护法》、《
商标法》、《设计注册法》、《版权法》、《造型艺术及摄影作品
著作权法》等规定的犯罪。当然，在德国的司法实践中,自诉案件只占较小的比例，“在所有自诉案件中，只有6%的比率在后来受到有罪判决；而曾被告示，知道可用自诉来维护自己权益的被害人中，也只有10%的比率提起自诉”，其中最主要的原因之一就是“立法者对自诉之态度并不友善”，从诉讼费用等各方面对自诉案件进行了限制。
