在香港、澳门回归后，肖蔚云同志仍跟踪香港、澳门情况，为中央人民政府、特区政府提供重要的咨询性意见，并为中央领导所肯定，为香港基本法和澳门基本法的实施做出突出贡献。
肖蔚云同志除了积极参与基本法的制定和筹组特区政府之外，还花费了大量的时间去宣传香港澳门基本法，经常接受电视台、电台、报社记者的采访，经常到机关、部队、学校作报告宣传基本法。这些工作是非常辛苦的，例如，有一次肖蔚云教授去国务院新闻办拍录象，从下午4点一直到晚上8点。但是，肖蔚云同志考虑到这是为国家有利的事，哪怕再苦，也在所不辞。对驻香港部队和澳门部队作了关于一国两制与基本法的专题讲座。
除了基本法的工作以外，肖蔚云教授还参与了其他法治实践工作，为国家的法制建设添砖加瓦。例如，肖蔚云教授担任北京市人大常委会法制顾问十几年，为中央修改
宪法提供意见。所有这些工作，对肖蔚云同志来说都是不记报酬的，即使个别单位给报酬也是非常低的，例如，北京市人大常委会的法制顾问1年才拿360元。
二是在北京大学邓小平理论课程的建设上做出突出贡献。
1997年北京大学开设了邓小平理论课程，作为本科生的必修课，讲了6次，3年。当时学校决定开设邓小平理论课，立即组织有关教授参加准备，从决定到上课，时间很短，只有一个暑假，况且，1997年夏天又是北京历史上罕见的酷暑天，肖蔚云同志就是在这样一个酷热的夏天准备了“一国两制构想与国家统一战略”，他将十几年参加港澳基本法实践与学习邓小平理论的体会结合起来，总结了邓小平有关一国两制的12个基本观点，讲课受到同学们的好评。肖蔚云同志也作为邓小平理论课程主讲人之一被国务院副总理李岚清同志请到中南海座谈。肖蔚云同志是所有讲课的教授中最年长的，要知道对于一位七十几岁的老教授站在讲台上讲3个小时是很不容易的。现在邓小平理论课已写成书，书名为《邓小平理论专题讲座》（北京大学马克思主义学院编，北京大学出版社，1998年6月第1版），其中的“一国两制构想与国家统一战略”部分由肖蔚云教授撰写。
三是在教书育人和科研方面贡献突出。
肖蔚云教授在参与国家法制建设的工作的同时，注意协调教学科研和实际工作的时间，正确处理了教学与港澳基本法工作的关系，15年参加了6个委员会，每年花费1/3--1/4时间在基本法的问题上。
