制定香港基本法是我国在1984年中英联合声明中作出的承诺。1985年全国人大决定成立香港基本法起草委员会，全国人大常委会公布了起草委员会名单，共59人，其中内地36人，香港 23人。起草委员会分5个小组，中央和特别行政区关系小组、居民权利义务小组、政治体制小组、经济小组、社会文化事务小组。肖蔚云被分在政治体制小组，他是该组的负责人，另一个负责人是查良镛。
　　香港、澳门基本法的制定是一项前无古人的事业，也是一项极富挑战性的工作。这在政治体制小组表现得尤其突出。政治体制小组任务很重，争论也较多。比如直接选举和间接选举的问题、行政机关和立法机关的产生方法问题，行政与立法的关系问题等。对这些问题，小组有各种方案，社会上也有种种想法，如何将这些方案和想法吸收进来，以达成一致意见，肖蔚云为此忙前忙后，在会前会后做了很多工作，用肖蔚云自己的话说，有立法工作，有商量协调的统战工作，还有处理与英国关系的外交工作。肖蔚云作为小组负责人，在处理争议问题时所表现出来的原则性和灵活性受到人们的普遍赞誉。
　　由于坚持了原则，“一国两制”的构想在香港基本法的起草过程中得到了全面贯彻。由于坚持了灵活性，香港人的一些意见因此得到尊重。香港基本法第五条“香港特别行政区不实行社会主义制度和政策，保持原有的资本主义制度及生活方式，五十年不变”就是这么来的。这一条在原来的总纲里没有，只是在序言含有这样的内容。在起草过程中，身为香港基本法起草委员会副主任委员的香港船王包玉刚提出，鉴于序言的效力问题在当时内地存有争议，建议对保持香港资本主义制度五十年不变的内容不仅在序言中写，在总则中也要写。包玉刚的意见后来得到采纳。香港基本法第六条规定：“香港特别行政区依法保护私有财产权。”这一条也是原来没有的，在起草过程中，查良镛提出，资本主义制度的核心是保护私有财产。起草委员会采纳了查良镛的意见，于是就有了现在的第六条。
　　经过起草委员会的努力工作，香港基本法于1990年4月4日在七届全国人大三次会议上获得通过。为了实现香港的平稳过渡，给香港基本法实施创造一个良好的环境，根据港区全国人大代表的建议，国家成立了香港特别行政区筹备委员会预备工作委员会，在预委会内，肖蔚云是政务专题小组负责人。预委会在1993年到1995年近3年的时间里，做了大量工作，为筹委会工作的开展打下了一个很好的基础。此后，筹委会开始工作，在筹委会内，肖蔚云是推选委员会专题小组的负责人。该小组的工作是比较繁重的，对于如何贯彻基本法，当时存在着不同的意见。肖蔚云作为推选委员会专题小组的负责人，在处理这些不同意见方面再次显示出了他的原则性和灵活性。当时筹委会的工作有一个很重要的目标，就是平稳过渡、保持香港繁荣稳定。比如，香港的公务员原来为英国服务，他们担心中国政府在香港回归祖国后实行秋后算账，为此，他们专题小组起草了一个关于公务员的文件，给公务员吃上了定心丸，香港收回后，公务员队伍除原律政司因国籍原因而离职外，其余的基本不动，筹委会这样做的目的就是为了平稳过渡、保持香港的繁荣稳定。根据司法机关情况，预委会当时还搞了一个司法机关产生办法，目的就是为了平稳过渡，这个措施英国也接受了。筹委会还搞了一个“直通车”方案，即原香港最后一届立法会议员符合条件者直接过渡为新的立法会议员，这个措施的目的也是为了平稳过渡，后因彭定康的“三违反”而未能实施。

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