我们必须把“言论自由”与“思想自由”区分开来。“言论”可以不讲道理，只有守住法律的界限就行了，而“思想”必须“以理说服”，必须建立在“理性”之上。马寅初校长并不反对针对《新人口论》的各种不讲道理的“言论”，但是他坚决反对在思想层面上“专以压制不以理说服的那种批判者们”。这意味着“思想自由”的基础是“不自由”的，是必须加以限定和约束的。“思想自由”必须建立在“以理说服”的理性基础上，而不是建立在“压制”的基础上，这是“思想自由”不可逾越的政治底线：基于理性的批评与反批评都属于思想自由的范畴，其目的在于追求真理，追求公共理性的共识。但是，捍卫思想自由之理性基础的斗争就不再属于公共理性，而属于绝不妥协的政治斗争。面对侵害“思想自由”的压制力量，是保持沉默，是违心地附和，还是坚决地进行斗争，这已经不再属于思想的范畴，而属于政治和伦理的范畴。在此，马寅初校长为我们树立的榜样。作为校长、作为学者、作为公民，他以大无畏的精神气概，勇敢地承担起了这些身份所赋予了社会义务和公共责任，为捍卫思想自由的理性基础而斗争，虽明知寡不敌众，依然单身匹马，以死亡的决心应战。马寅初校长正是以自己的实际行动大大地推进了蔡元培校长确立的原则。大学不仅要坚持“思想自由”，而且必须以政治斗争的姿态来捍卫支撑思想自由的理性精神。追求真理和承担责任是马寅初校长为“思想自由”做出的两个绝佳的注解，它们构成了大学精神的两翼。
二<
经过几代人的努力，我们差不多可以说大学摆脱了左倾意识形态的全面控制，赢得思想自由的宽松环境。左倾主义的正统思想在大学里已经衰落了，剩下的也是装潢门面的形式，甚至连“法学经典原著选读”课早已变成了论文写作课。我们在法学课堂上和法学论文中早已将“法的本质”问题看作是一个虚构的神话，法律的阶级性问题也已经被权利本位的法理学抛弃了。这种思想自由还体现在大大压缩必修课的数量，增加了教师自主开课的自由和学生选修课程的自由。用我们苏力院长几年前的话来说，“现在不是思想敢不敢自由的问题，而是如何自由的问题。”
那我们是如何自由的呢？拿出你们的成绩单，我相信，今天在座的各位都已经大量地选修
合同法、
公司法、
证券法、金融法、
保险法、国际经济法、知识产权法、网络法和WTO法这样的课程，而且许多同学还选修了经济研究中心的双学位。可是，你们中有多少认真选修过法制史、思想史、法哲学、法律人类学这些课程，或者选修过哲学系、历史系、政治学系的课程呢？为了满足你们这中选课的自由，法学教授们也越来越倾向于开设前者这些课程，而躲避后面这些课程，比如专门研究中国法制史的教授开设了
保险法的课程，专攻西方法律思想史的教授开设了英美契约法，而且这种自由发展的倾向在法学院受到了越来越多的鼓励。这种选课和开课的自由最能体现大学的思想自由，因为在大学教育中思想自由不是通过媒体的言论表达的，而是通过讲坛上的课程来表达的。这种思想自由就体现在大家常说的一句话中：我们交了钱，所以要求法学院提供我们所希望的知识。
