首先，片面地从法院工作方法的角度看待债权凭证。对于债权凭证的出台，实务界人士往往单方面地从法院工作本身出发加以说明，认为法院发放债权凭证后可以作结案处理，有利于减少执行积案，提高法院执结率。 在我国，法院执行工作如同审判一样须由人大监督和验收，这一点刺激了法院系统对执结率的追求，债权凭证由此成为法院向人大、下级法院向上级法院交差的功利性工具。它仅属于法院工作方法的问题，与执行当事人没有关系。当然，依中国“不在其位，不谋其政”的古训，从法官角度如此定位债权凭证是可以理解的，而且据我的考证，这种观点正好反映了出台债权凭证的最初动机。不少执行法官坦言：1998年最高法院《
关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》（以下简称
《执行规定》）第
102条第2项，将被执行人确无财产可供执行的情况归入执行中止之列后，法院无法对此类案件作执行结案处理，导致大量案件悬而未结，执行统计时执行结案率大幅度降低；而在此前，法院可将这类案件裁定终结执行而结案。故第102条第2项执行中止的规定人为地造成了执行积案增加。要避免执行结案率下滑，在被执行人无财产可供执行时就必须绕开第102条第2项，采用一种新的、能够引起执行结案的方法，债权凭证就起到了这种作用。但是，仅从法院工作方法角度考虑债权凭证，会削弱债权凭证的正当性基础，为民间流传的“债权凭证就是法律白条”的说法提供了口实；而且，一旦预期的效果不能完全实现，其中的弊病显现出来，就可能转向对它的彻底否定。
其次，各地自行其是，缺乏统一性。既然实务界把债权凭证视为法院工作的方式方法， 而不是从制度建设上考虑债权凭证，那么各地法院自然可以大胆探索、自行其是而不必追求一致、统一了。但适用债权凭证毕竟要具备一定的要件，产生一定的法律后果，否则就难以普遍推行，然而，各地法院“小作坊”式的改革使得债权凭证具有浓厚的地域性，局限于某个区县、市或省，当债务人财产位于该区县、市或省以外时，原来发放的债权凭证可能与外地的作法相悖而失其效力。比如，在债权凭证的适用范围、有效期、能否引起申请执行期限中断、能否作为执行根据、引起执行中止还是执行终结等问题上，由于各地理解不尽一致，故在委托执行、异地执行和协助执行的过程中很容易发生冲突，从而使债权凭证的作用大打折扣。除地域性的限制外，债权凭证还具有个人性的特点，即债权凭证及其效力总是与发放该凭证的法院联系在一起，通常情况下，债权凭证是由发放的法院来负责执行的。这就使债权凭证带上了特殊的标记，具有强烈的个人性色彩。
最后，难以适当协调执行工作改革与现行执行制度的关系。债权凭证是在执行工作改革的名义下推行的，它不仅涉及法院执行的方式方法，而且对执行当事人产生了反射性效力，执行债权人获得了比现行执行制度更为有效的保护。人民法院通过债权凭证等执行方式方法改革，小心翼翼地蚕食着现行执行制度。故债权凭证与其说改革了法院执行工作方法，不如说改革了执行制度。因此，在执行实践中，如何协调执行工作改革与现行执行制度的关系就成为困惑各地执行法官的问题。对此需要从两个方面入手解决：一是提高执行工作改革的依据的层次，最好由全国人大授权最高法院进行执行制度的改革和革新；二是在可行的前提下，尽量降低制度创新的成本，可以通过对现行制度和规定进行限缩解释或扩张解释来减少改革带来的混乱和无序状态。
