如果指令排除税收协定的适用，其法律后果与条约和共同体根本法冲突相似。这样，成员国间的条约在与指令冲突的范围内不适用。
五、欧盟所得税法的特点和发展
时至今日，欧盟所得税法仍处于发展之中，并呈现出以下特点：
1、进行了建立多边税务合作机制的尝试。在所得税领域，国际间的税务合作以及消除双重征税的协定仍以双边方式为主体，多边税收协定非常少见。多边税收协定缔结困难的原因在于：双边协议容易符合缔约国的要求，缔约国之间财政税收制度的差异使得双边协定更容易接受和缔结，而多边税收协定的缔结需要相关缔约国税制具体共同性。欧盟所得税法作为适用于15个成员国的法律规范，实际上在税收的多边协调方面作出了尝试。比如，共同体理事会第77/799号指令就建立了成员国在直接税领域相互协助的多边体制。
2、欧盟所得税法具有超国家性。这体现在共同体法的直接效力和最高效力上。
(1)一般的国际税收协定仍是政府间合作的体现，国际税收协定在国内法中的地位要依据其宪法的规定。有的国家规定国内法上优于条约，这就存在国际税收协定被缔约国国内法改变的情况。欧盟法的最高效力原则就可以避免这种问题。共同体法的最高效力是无条件的和绝对的。共同体条约、二级立法（规则、指令、决定）、共同体法的一般原则、共同体与第三方签订的国际协定，不论它们是否有直接效力，都优于成员国所有国内法。
(2)一般的国际税收协定的适用实际上也是条约在国内法的适用问题。一般说来，各国可以采取不同方法使国际法在国内得以适用。大体上主要有两种：采纳(adoption)和转化(transformation)。“转化”是指国际法的原则、规则和制度由于国内法律行为而纳入到国内法律体系中，成为国内法律，或者具有国内法律的效力。转化必须通过立法行为来实现。采纳是指即由国内法采纳国际法，使其在国内发生效力，而不需要国际法转化为国内法。在实行转化的国家，国际税收协定不经过这一程序，就不能在国内适用。欧盟法的直接效力原则就可解决这一问题。需要指出的是，直接效力和直接适用(direct application)的含义是不同的。直接适用是指共同体法可在其成员国直接成为法律并适用，无须成员国采取任何实施措施。直接适用是共同体法产生直接效力的前提，但并非所有可直接适用的共同体法律规范都一定具有直接效力。可直接适用的共同体法律规范还需具备一定条件才能产生直接效力。不过，在实践中，欧洲法院对直接效力和直接适用是替代使用的。正如总法务官(AdvocateGeneral)Mayras 在Reyners v.Belgian State所陈述的：“可直接适用的共同体法律规范是在成员国产生效力的法律的组成部分并且为个人主体创设可在法院援引的权利。”
