在维护天皇大权的前提下，官方教育思想中还有一个与守旧派思想对立的资产阶级自由教育派即欧化教育派。近代日本“脱亚入欧”过程中，学习西方的人文和科学知识自然成了学校教育的主导内容。1885年日本实行内阁制政体后，出现了一段著名的“森有礼文政”（或称“森文政”），即指森有礼担任第一任文部省大臣时在文化教育事业上的建树。森有礼是留英学生，在维新时期首倡“废刀论”（废止几百年来士族佩刀的传统）、“妻妾论”（提倡一夫一妻制）等近代文明制度。森有礼对教育进行的改革与推进，其制度贡献主要是完成了《学制令》未完成的国民教育制度的建立，自此以后，日本的教育便走上了正常的制度化发展道路。
森的经历与所受的西式教育，决定了他对欧美制度的偏爱。与日本第一任首相伊藤博文相同，森有礼也是一个国家主义者，认为教育应服从国家目的，一切知识应符合国家的现实需要，而日本最需要的就是西方的科学技术知识。所以，在森的主持下，商、农、工、法、医等与国计民生有直接关系的科目受到了极大重视，他认为大学要“教授适应国家需要的学术技艺并研究其蕴奥”。
不过，尽管森有礼的教育目的也是为了国家，但其主导教育理念则代表了当时一批接受欧美自由教育理论的思想家的观点，认为所有商农工法医及科学技术教育应是自由进行的，政府不应把教育与政治联系起来。这与天皇《教学圣旨》所强调的教育目的并不一致。他忘记了日本近代教育的根本功用首先是培养效忠于天皇国家的工具，其次才是技艺。所以，身为天皇侍讲的元田永孚在1885年用汉文给首相伊藤博文写了一封信即著名的《国教论》中，先述佛教与耶稣教作为国教之不可取，继而论述儒教对于维护天皇主权之国体的意义，说礼教纲常乃日本立国之本，政府应“广大[忠孝]以坚孔子之道德、以补欧学之格物”。 与日本近代国家目的的不符，最终决定了森有礼自由教育观的失宠。
另一种教育观也可以说是自由的，与森有礼教育观的不同就在于它不以维护国家为宗旨。天皇在《教学圣旨》中所批评的“高尚的空谈”，其主旨就是表达对正在兴起的“自由民权运动”之教育思想的不满。1874年，若干前政府参议联名提出了一份《设立民选议院建白书》，并由署名者组成了一个“爱国公党”，日本近代史上很有影响的“自由民权运动”开始兴起。这个运动很快就对日本社会造成了强烈的冲击，学习、研究西方政治和宪法成了士族的时髦，提倡日本尽快实现宪政民主，从而反映了人民大众希望民主自由的心声。 很明显，如果任由自由民权运动发展并由这些人士左右教育事业，将对正在建立的中央集权专制统治十分不利。统治阶层一般都认为，日本要赶上西方列强、成为一个强大的国家，就必须建立以天皇为核心的专制集权制度。自由民权运动是以士族为主要力量的知识分子活动，他们中的许多人都是小学校的教师，而小学校是人们思想形成的出发点。自由民权思想的教育自然主要在中小学校中展开，目的在于培养学生的批判精神，如自由民权运动的主要理论家“资产阶级思想先驱者”植木枝盛就公开提倡自由教育，“俾以养成精神之相异、焕发独立之气象”。 这种培养叛逆精神的教育思想肯定不利于专制统治。因此，在国家发展趋于专制的大环境下，自由民权运动当然要受到政府的打压。《教学圣旨》的目的正在于确定政府教育的宗旨，抑制有损于专制目标的自由精神活动。1879年，身为参谋本部长的山县有朋在一篇文章中说：“彼之所论，以民权为主．诽谤政事、谩骂官吏，暴论讥讽，无所不至，以诱惑四方不平之士族，为使祸害蔓延于天下，不外迟延年月，结合人心，投机而颠覆政府耳。故而，滞缓一日则祸害益将流注各州，浸润壮士少年之心头，终将酿出不可测之祸机，乃必然之势也。”。 于是，日本政府中热心于专制事业的大臣们联合起来，十年努力，在十九世纪八十年代末将自由民权运动打压了下去,自由民权思想对日本教育的影响也几乎绝响。
