如果属于“通过”，沿海国就“不应”行使管辖权；如果属于港口的情况，沿海国一般也是不行使管辖权的。因此，这里的关键问题并不在于“通过领海驶入内水”是否为无害通过，而在于沿海国在这种情况下如何行使管辖权。而这两种解释所导致的实际效果是基本一致的。
（三）、关于“should not”（不应）与“may not”（不得）
第十九条第一段和第五段分别使用了“should not”与“may not”两个措辞。第一段要求沿海国“should not”（不应）行使管辖权，第五段则要求“may not”（不得）行使。二者的区别是值得关注的。
第十九条第一段中“should not”一词是取代了国际法委员会草案中的“may not”一词。这一修改使得它的拘束力大大降低，同时也使得列出的四种例外情况没有了太大的意义。
这一修改意见是在1930年海牙编纂会议上美国代表团提出的。最初的提案是用“should generally,not ”（一般不应）来取代“may not”。虽然该提案当时未被采纳，美国代表团于1958年日内瓦会议讨论《领海与毗连区公约》时再次提出。该提案不仅涉及沿海国的刑事管辖权，还涉及民事管辖权。它的基本理由可能是两个：一是根据严格的国际法理论，沿海国在其领海内的刑事及民事管辖权是“无限制”(unlimited)的，而“may not”一词减损了沿海国的主权权利，这背离了已建立的国际法规则；二是使用“should generally,not”的措辞，在适当考虑到航行利益和国家的实践的同时，维护了传统的领土主权原则。
美国的提案在会上遭到一些国家代表团的反对，在最后提案中“generally”一词被删掉，将“should not”写入了公约的第十九条和二十条。实际上，“generally”一词的删除，并未影响美国的基本立场。
“should not”提出了很多问题：它的性质是什么？是法律义务，还是礼让？对此可能会有不同的答案，但“should not”写入第十九条最重要的意义在于：虽然普通法系国家坚持认为，沿海国对行使无害通过权的外国船舶享有排他的管辖权，但作为一项法律权利，在批准该公约之后就不能再这样坚持了。也就是说，第十九条认可了沿海国对行使无害通过的外国船舶的管辖权，但要求它不要行使。
与第十九条第一段中“should not”不同的是，第五段使用了“may not”一词。若将二者进行比较似乎可以看到二者之间的差异：第一，“should not”仅仅是一种规劝，而“may not”是明确的法律义务。二者的限制程度是不同的。第二，“should not”的规定较“may not”更具灵活性，它没有做硬性的要求，因此将更多选择留给了沿海国。但有一种意见认为， “may not”; “should not”及“should generally，not”的使用是没有特别含义的，只是“在混乱中产生的疏忽”。因为在日内瓦会议上后来并没有对此进行过讨论。
需要指出的是，在“should not”和“may not”这两种情况下的法律效果是一样的，它们都限制了沿海国的管辖权。但管辖权的最终的行使还要由沿海国决定。
（四）、82年《海洋法公约》第二十七条
82年《海洋法公约》第二十七条几乎是照搬了58年《领海与毗连区公约》第十九条。唯一的一处修改是，在第五段中增加了一句话：“除第十二部分有所规定外或有违犯按照第五部分制定的法律和规章的情形”。意即在第十二部分“海洋环境保护和保全”和第五部分“专属经济区”有规定的情况下，沿海国可以行使有关的刑事管辖权。
这两部分中的一些条款，如第二○八条、二一○条（5）、二一一条（5）和（6），规定沿海国可以制订法律和规章以防止来自专属经济区和大陆架的污染；第七十三条规定了沿海国法律和规章的执行。根据这些条款，沿海国享有的权利，包括：“登临、检查、逮捕或进行司法程序”（第七十三条）。
第五段中增加的这一内容是完全必要的。专属经济区和海洋环境保护制度都是海洋法上较新的制度，它们对沿海国的管辖权也提出了新的问题。专属经济区虽然不是沿海国领土的组成部分，但沿海国仍然对其中的自然资源和经济活动享有主权权利。如果有人在沿海国的专属经济区犯了该国法律规定的罪行，当他犯罪的船舶通过该国的领海时，该国不能将其逮捕是很荒谬的。
以上分析表明，58年《领海与毗连区公约》及82年《海洋法公约》中已确立的规则是：领海是沿海国领土的组成部分，因此，理论上并不阻止沿海国将其刑法权力延伸到通过其领海的外国船舶上。然而，上述公约对驶离内水及停泊于港口的外国船舶，与仅通过领海的船舶采取了区别对待的方式，对前一种情况公约给予沿海国更大的权力；而在后一种情况下，则要求沿海国不得妨碍无害通过，从而限制了沿海国对这些外国船舶行使刑事管辖权。
五、对港口内外国船舶的刑事管辖权
“港口”在海洋法中，指的是用于装卸货物、上下乘客和船舶停泊、并具有各种工程设施的海域。
早在1758年，瑞士国际法学家瓦泰尔（E De Vattel）在其著作《万民法》中就指出，港口和泊船处“是国家的一部分，并从而属于国家所有。在法律效果方面，对于它们可以适用如同对于其国土本身一样的占有和权力”。在现代国际法上，港口被认为是国家的内水，与陆地领土一样受国家主权的排他管辖。
如前所述，在外国船舶的管辖权问题上，对停泊于港口的外国船舶与通过领海的外国船舶的管辖权是不同的。位于港口或其他内水内的外国船舶在刑事和民事事项上原则上受当地法律的支配并且受当地法院的管辖。但由于船旗国管辖权的存在，也有的国家主张对停泊在外国港口的本国船舶行使管辖权。也有人主张，如果仅仅船舶的内部秩序受影响或仅仅涉及海员或乘客之间的关系，沿岸国就没有管辖权。
在国际实践中，沿海国对于港口内外国船舶的刑事管辖权问题上，很明显地表现出不稳定和前后不一致的情况。
前述法国1806年的萨莉和牛顿号案（The Sally& The Newton）所确立的“法国规则”对国家实践有着重要影响。该规则主张，除非港口的安宁与良好秩序受到威胁，或者经船长或领事官员的请求，否则港口国不加干涉。然而，法国后来的实践却对该规则一再作出不同解释。
1859年法国最高法院在“暴风号”案（Tempest）的判决中认为：每一国家在其全境内都有主权管辖，这是国际法的原则，但是外国商船不应该归当地管辖，除非当地国的利益受到影响。该法院又认为，即使犯罪仅涉及船员之间，并不涉及船舶以外的人，如果罪行是严重的，尽管事实上并不扰乱当地和平和安宁，当地国仍有权干预。在1916年的“陈光杀人案”和1953年的“麦克逊案”中，法国法院认为“即使当地国的公共秩序没有受到扰乱，1806年的判决也不能排除法国法院的管辖权。”
