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1．税收优惠内外有别。目前，我国主要在所得税和关税领域实行内外两套制度，内资企业和外资企业虽然名义所得税税率都保持在33％，但是税法对外资企业所提供的税收优惠待遇无论从广度和深度上都远甚于内资企业，造成内资企业的实际税收负担远远重于外资企业，在经济竞争中很难与外资企业处于同一起跑线上。内外资企业不公平竞争愈演愈烈，其结果是，外资在国内许多产业占据优势地位，很多领域，如化妆品、通讯器材等几乎被外资独霸，而食品、电脑等行业也是风声鹤唳，危机重重。这种税收歧视使得本已惨淡经营的内资企业更是雪上加霜，经不起市场竞争的残酷压力，最终导致许多企业破产、被兼并或严重亏损。
2．税收优惠层次过多。现行涉外税收优惠法律制度，是在改革开放的不同时期，根据经济形势发展的需要和开放地区的先后顺序，针对不同的情况分别制定的，难免导致税收优惠措施相互之间的冲突和效用抵消，不利于正确引导外商的投资方向，也人为地造成了外商投资在全国各地的不平衡。特别是由于税收优惠的权限一度被滥用，致使一些地方政府从本地利益出发，单独制定了许多区域性的税收优惠措施，在国内形成了税收恶性竞争的混乱局面。由于令出多门，透明度低，效力层次不高，有些措施甚至属于违法操作，因此给人一种法纪不严的负面印象，难以取信于人。
3．税收优惠方法单一。我国的涉外税收优惠主要体现在所得税上，而且是以直接降低税率或减免税额为表现形式的。如从开始获利的年度起两年免交所得税、三年减半征收所得税或者退还再投资部分已纳税额的一定比例等。这些税收优惠形式很多都只能使一部分企业受惠，对其余企业的吸引力则大大减弱，甚至还会加重其税收负担。如“免二减三”的办法对投资规模小、经营期限短的项目有利，而对于投资期限长、投资规模大的项目则难以奏效，甚至与短期项目相比还有不利影响。再如减免税型税收优惠对于生产型，特别是劳动力密集的生产型企业有利，而对无形资产或技术设备投资比重大的高新技术企业则未必如此。更何况，由于税收优惠存在时限因素，部分外商还可能采取重新登记或变更登记的办法以规避税法，继续无限期地享受优惠待遇。因此，单一的税收优惠方法在实践中会因其过于简单而使制度实效大打折扣。
4．税收优惠对产业政策体现不够。现行外资税收优惠法律制度偏重于地区性的优惠，而对国家需要优先发展的产业，特别是高新技术产业和经济欠发达地区重视不够，税收优惠的产业引导力不够。如设在经济特区的外商投资企业及在特区设立机构、场所从事生产经营的外国企业，不分产业性质都可享受15％的企业所得税优惠税率。而实际上特区的不少企业只是普通的制造或服务企业，真正属于高新技术产业和基础产业的比较少。再如对投资电力、铁路、港口、码头、公路等能源交通建设的项目，其优惠待遇也只提供给国务院批准的特定地区，弱化了涉外税收政策的产业结构调节效果，导致外商将更多的资金投入规模小、技术质量低的行业。
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