与WTO对上述法律部门全方位的直接冲击相比，中国加入WTO对税法的影响除了关税法之外相对间接得多。研究如何利用WTO的现有规则体系，最大程度地发挥关税在限制进口、保护民族产业方面的作用，是关税法改革面临的重大议题。
　　有的学者认为，关税减免既不符合国际经贸惯例，也违背了世界贸易组织国民待遇原则，且造成了国内市场的不公平竞争，因此，应逐步取消各种减免优惠政策，在此前提下降低关税水平，消除名义税率与关税实际征收率之间的差距，同时优化关税结构，以体现我国的产业政策。另外，应当改变中国原有单一的关税结构，建立包括从价税、从量税、季节税、复合关税、紧急关税等在内的特殊关税制度，建立我国反倾销、反补贴法律体系，以期达到对本国产业、产品和国内市场适度保护的目的。[18]
　　我们认为，与普通关税法相比，WTO对反倾销税法和反补贴税法关注的出发点是不一样的 。[19]
　　学者们还热烈地讨论了中国涉外税法与世贸组织规则的积极冲突以及防治对策，比较一致的结论是，WTO的各项协议和各项规则性文件中，同税收密切关联的是最惠国待遇原则和国民待遇原则，此外还有关税减让原则、反补贴、反倾销原则、透明度原则、例外原则和发展中国家优惠原则。我国现行税收法律制度中的确存在着若干与WTO的要求不相符合的地方，如用税收支持“以产顶进”和“以出项进”；按出口业绩减免税；进口产品税负高于国产产品；进口项目投资抵免限于国产产品；即征即退限于某些企业的国产产品等。为此，应对现行税法进行一次全面清理，对明显属于违反WTO原则和规则的规定区分不同情况分别处理，有的要立即主动调整、改革，有的可在过渡期内稍加缓冲，还有的如果不造成其他成员国经济损害，而又确需保留的，也可暂时保留，待有关成员申诉时再做处理。[20]
　　另外，我国的涉外税收优惠法律制度也是近年来学者们援引WTO国民待遇原则经常予以关注和批评的话题，认为由于内在的制度缺陷及其所体现的政策导向的偏差，外资税收优惠法律制度在发挥积极作用的同时也对我国的经济持续、健康、稳定的发展带来了一些不利的影响，主要表现在税收优惠内外有别、层次过多，税收优惠方法单一，对产业政策体现不够等。[21]
　　最后，WTO关于法律的透明度和统一实施要求对中国税法的建设无疑提出了更高的标准，这会在一定程度上和一段时间内与中国税法发生摩擦。 [22]
　　总体而言，我们认为，加入WTO对中国税法的直接冲击并不大，除了关税法的改革必须亦步亦趋地与中国在“入世”谈判中所承诺的义务保持一致外，其余的方面可以根据形势通过微调加以解决。但是，这绝不意味着WTO对中国税法的影响就此为止，恰恰相反，与加入WTO对中国税法的制度性影响相比，[23]WTO所代表的世界多边自由贸易体制及其内含的经济自由化、一体化及法治化观念对中国税法的冲击更为长远和持久。中国税法除了考虑如何修改旧法或制定新法以保持与WTO规则的一致外，更需高瞻远瞩地为中国经济的改革开放积极有效地发挥作用。在新的形势下，继续强化为市场经济发展和对外经贸合作服务，加强税收法治、促进依法治税，在努力维护税收主权的同时积极与国际接轨，是WTO对中国税法在观念上的最高层次的冲击。[24]

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