第三，适用税率的调整与税负的适当减轻。修改后的
《个人所得税法》规定了三种适用税率，一是工资、薪金所得的适用税率，虽仍适用5％至45％的超额累进税率，但中间增设了15％、25％、35％三级税率，征税级距拉大；二是个体工商户的生产、经营所得和企事业单位的承包经营、承租经营所得，适用5％至35％的五级超额累进税率，这样的税率与改革前比较，税率档次减少，最高适用税率大为降低，并与企业所得税率相接近；其余应税所得适用20％的比例税率，这与改革前基本上是一致的。
由于
《个人所得税法》调整了工资、薪金所得的税率，级数增加，级距拉大，中间税率也有增加。这样，纳税人的税负必然会有所变化，从整体上看，这次税法修改后原有各应税的适用税率基本保持不变，但税负略有降低，新增五个应税项目都采用了较低的税率。就不同的纳税人来讲，外籍纳税人约有80％的税负下降，10％税负持平，还有10％的税负有不同程度的增加；中国公民的税负水平，就工资、薪金所得，财产租赁所得，劳务报酬所得，承包、转包所得而言有较大幅度降低，其余各应税所得与原个人收入调节税负担水平持平；个体工商户的负税也有一定程度的降低。
第四，扣除费用与免税项目的调整。修改后的
《个人所得税法》按照对基本生活费用不征所得税的国际惯例，费用扣除额仍沿用1980年
《个人所得税法》规定的月扣除800元的标准，多数中国人仍适用这个标准，但为照顾外籍纳税人和在中国境内有住所而来源于境外工资、薪金所得纳税人的实际收入水平和生活支出水平，以及考虑到汇率、物价以及其它不断变化的经济情况，修改后的
《个人所得税法》授权国务院根据上述情况可以确定附加减除费用的标准和适用范围。此外，还准予从个人所得中扣除向教育和其它公益事业捐赠的部分。
对某些特定项目免税，这是国际上的通行做法。1980年的
《个人所得税法》规定的免税项目有九项，修改后的
《个人所得税法》增加到十项。其中增列一项，调整两项，具体是：将“科学、技术、文化成果奖金”修改为“省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护方面的奖金”；在储蓄存款利息免税项下增列了国债和中国发行的金融债券利息的规定；“按照国家统一规定发给的补贴、津贴”也是新增列的免税项目。
