第一，对同属个人所得分别规定不同的纳税人和税种，适用不同的税收法律、法规征税，在国际上并无先例。如前所述，1980年的
《个人所得税法》修改之前，对外籍人员、华侨和港、澳、台同胞适用
《个人所得税法》，中国公民区别营利所得和其他所得，分别适用《
城乡个体工商业户所得税暂行条例》和《
个人收入调节税暂行条例》。这种立法模式导致法律条文相互重复和交叉，执行起来困难重重。
第二，费用扣除偏低，名义税率过高。1980年的
《个人所得税法》规定工资、薪金所得适用5％至45％的超额累进税率，费用扣除额每月800元。在1980年，800元人民币相当于547美元，到目前按外汇牌价折算，约为100美元。显然，立法时的税负从轻原则已不能很好体现了。个人收入调节税的综合征税项目，适用20％至60％的超倍累进税率，因工资类别地区的不同，费用扣除标准为每月400元至600元。但由于物价上涨、生活费用支出项目增加等因素，扣除标准太低。对个体工商业户所得税加成后的最高税率为80％，80％的高所得税率在世界上并不多见，且与各国降低个人所得税税率的改革不符。
第三，征管困难。由于我国市场经济体制的逐步建立，在我国居民收入普遍提高的同时，收入渠道也越来越多样化，个人收入也难以准确统计，我国个人收入调节税的征管办法是采取源泉控制，但这只能是针对工薪阶层的工薪收入，对其他各种收入则征管无招。个体工商业户所得税也存在类似的问题。由于个体工商业户的真实营业额难以核实，而且户数众多，征管力量不足，故普遍实行随流转税征收的办法。这种办法似乎简捷，但实际上使个体工商业户的所得税税负大为降低，实行的十级超额累进税率亦名存实亡。这与各国强化所得税的监控手段，打击偷漏税违法行为的做法不尽一致。
为了解决这些问题，适应形势的发展，尤其是适应与国际接轨的需要，第八届全国人大常委会第四次会议审议通过了《关于修改<
中华人民共和国个人所得税法>的决定》，并于1994年1月1日起施行。
