（3）资产评估问题。根据国务院《
国有资产评估管理办法》、国家国有资产管理局《
国有资产评估管理办法施行细则》和《国有资产流失查处工作若干问题的通知》的有关规定，被并购企业中含有国有资产成分的，并购前都必须进行资产评估，清理债权、债务，确定国有资产或产权的转让底价。并购合同或协议中的最终成交价，要经产权归属的所有者代表确认并经国有资产管理部门批准。如果因上述手续不全导致纠纷，审判机构和仲裁机构可在当事人补办相关手续后确认其效力，如无法补办相关手续，则可确认并购合同或协议无效。
3、 关于债权人合法债权保护问题
在国企改革中，由于有些地方政府和企业常借并购之机，恶意逃废债务，债权人的合法权益受到侵害的现象时有发生。尤其是银行债权被“悬空”的现象比较普遍。按照有关规定，无论采取何种形式并购，被并购企业的银行债务应全部由并购后的企业承担。但在具体执行中，被并购企业悬空银行债权现象时有发生。解决好企业并购与银行债权债务关系具有重大的现实意义。这不仅是解决企业与银行两个部门之间的一般问题，也是解决整个国民经济从计划体制向市场体制转化过程中资金运转的根本问题。1998年国务院《关于在国有中小企业和集体企业改制过程中加强金融债权管理》的通知指出：企业在改制过程中，不论采取何种方式进行改制，都必须尊重金融机构保全金融债权的意见，依法落实金融债务。金融债权债务未落实的企业不能进行改制，有关部门不能为其办理有关改制审批和登记手续，也不能颁发新的营业执照。
审判机构或仲裁机构在审理企业并购纠纷案件时，对于被并购企业遗留债务，当事人之间约定了新的债务承担人、并经债权人同意的，可依当事人的约定；对于虽未经债权人同意，但新的债务承担人有足够能力清偿债务的，可按照实际情况确认由新的债务承担人承担债务；对于仅对被并购企业的财产进行了处理，而未处理债务的，原则上应当由并购企业在所接受财产的等值范围内承担原企业遗留债务。
对企业出售中，卖方隐瞒或遗漏原企业债务的，应当由卖方对所隐瞒或遗漏的债务向原企业的债权人承担责任；对企业吸收合并中，被兼并企业原资产管理人隐瞒或遗漏债务的，应当由被兼并企业原资产管理人对所隐瞒或遗漏的债务承担民事责任；对借企业分立剥离企业有效资产，以逃避债务的，应当将分立后的企业列为共同被告，并依法确认由其承担连带责任。
