此外，
刑事诉讼法还规定了一些羁押期限不确定的情况。在侦查阶段，发现另有重要罪行的，重新计算侦查羁押期限；不讲真实姓名、地址，身份不明的，侦查羁押期限自查清其身份之日起计算等。在起诉阶段，审查起诉案件改变管辖的，重新计算审查起诉期限；退回补充侦查的，重新计算审查起诉期限；在较长时间内不宜交付审判的特别重大复杂的案件，由最高人民检察院报请全国人大常委会批准延期审理。在审判阶段，司法精神病鉴定不计入审理期限；死刑复核没有规定期限；改变管辖案件，重新计算审理期限；补充侦查案件，重新计算审理期限；二审法院发回重审案件，重新计算审理期限，且无次数限制等。
因此，除案件存在上述特殊情况，需要具体案件具体分析是否构成超期羁押外，如果办案超过了
刑事诉讼法明确规定的拘留、批捕、侦查、起诉、审理等期限，则都可以界定为超期羁押。在实践中，超期羁押主要表现在：拘留后不按期提请逮捕、提请逮捕后不按期批捕、批捕后不按期侦结、侦结后不按期审查起诉、起诉后不按期审结等。
二、超期羁押的法律本质
最高人民检察院副检察长赵登举同志指出：“超期羁押属于违法羁押，本质上是非法拘禁。”有的学者对此提出了质疑。笔者认为，对这句话应从两个方面理解：首先，超期羁押限制了人身自由；第二，超期羁押是违法限制了人身自由，违法性是超期羁押的本质属性。并不是说对于超期羁押都要以非法拘禁罪来追究刑事责任。
这是因为，一是状态意义上的非法拘禁与行为意义上的非法拘禁是有区别的。状态意义上的非法拘禁是指所有违反法律限制公民人身自由的状态，既包括从一开始拘禁即非法，也包括合法拘禁转化为非法，超期羁押就是后一种非法拘禁状态，而行为意义上的非法拘禁则特指非法对他人进行拘禁的行为，比如无权拘禁和无因拘禁等，对该行为应以非法拘禁罪追究刑事责任。 二是非法拘禁是典型的一般主体犯罪，是私权对私权之侵犯，其侵犯客体主要是公民的人身权利。超期羁押则是国家机关工作人员的违法犯罪行为，是公权对私权之侵犯，其侵犯的是复杂客体，既包括公民的人身权利，又包括国家机关的正常活动。笔者认为，对超期羁押的法律本质的认识，应当从实然法与应然法两个层面进行分析。
（一）实然法层面。2003年11月，最高人民法院、最高人民检察院、
公安部联合发布了《关于严格执行刑事诉讼法，切实纠防超期羁押的通知》，高检院随后也公布了《关于在检察工作中防止和纠正超期羁押的若干规定》，在这两个文件中都指出，对于违反
刑事诉讼法，滥用职权或者严重不负责任，造成超期羁押构成犯罪的，依照《
刑法》第
三百九十七条关于滥用职权、玩忽职守罪的规定追究刑事责任。 笔者认为，对超期羁押以滥用职权、玩忽职守罪追究刑事责任，在现有的
刑法框架内是准确的。
