其次，
人民法院组织法虽然与
刑事诉讼法和
刑法在内容上互相补充、互相渗透、互相反映，但他们之间的区别也是十分明显的。
人民法院组织法主要是从司法组织的角度，规定人民法院的性质、任务、职权范围、组织体系、机构设置、人员组成和上下级之间的关系，其中对死刑核准权的规定也是立足于司法组织的角度。
刑事诉讼法和
刑法对死刑核准权分别从程序和实体的角度作出了规定。相比之下，后者的规定更为具体，更为严格。这样的分析虽然理由充分，但令人十分遗憾的是2000年《
立法法》未对2000年之前《
人民法院组织法》和《
刑事诉讼法》、《
刑法》之间已存在的冲突作出协调规定，而采取了一种回避的态度，从而使实践中的适用混乱局面得以继续。基于以上两点的分析，在死刑核准权配置的问题上，当
人民法院组织法和
刑事诉讼法、
刑法的规定相冲突时，应适用
刑事诉讼法和
刑法的规定，即死刑核准权应由最高人民法院行使，这也符合“特别法优于一般法”的一般法理。笔者认为，这样的结论在很大程度上是可以成立的。
笔者在本文第三部分对死刑核准权分离配置现状所存在的主要问题及其原因的分析只是用以说明我国的死刑核准权配置现状存在实践和理论层面的双重弊端，但这并不能必然推导出该配置现状应立即消除，并不能必然推导出死刑核准权应立即收归最高人民法院，由最高人民法院集中统一行使。
四、看似悖论分析后的思考——配置死刑核准权构想
通过以上分析，我们既不能简单地否定死刑核准权由两级法院行使的作法在当今中国社会中的合理性，也不能粗心的忽视死刑核准权由两级法院行使作法所存在的弊端。如何完善死刑核准权的配置制度，按照怎样的思路进行改革，是法律实务界和理论界所面临的一个重要课题。对此，主要有两种可供选择的方案：一步到位式，就是最高人民法院收回已经下放的死刑核准权并统一行使之；渐进式，就是维持死刑核准权由两级法院行使的模式，但在高级人民法院增设死刑复核庭，待条件成熟时，再将死刑核准权统一收归最高人民法院行使。[2]
