当然，由于《企业法》本身的缺陷以及国有企业改制大环境的制约，使得该法的实施并不尽如人意。如该法虽然确定了国有企业的法人地位和企业经营权，但却没有详细规定国有企业上述权利和地位受侵害和妨碍时如何救济，这样国有企业的自主权利和法人地位就在现实中落了空，无法全部和切实实现。具体表现为名目繁多的行政摊派和收费项目使企业疲于应付；行政机关任意侵犯国有企业的经营权而企业无法得到救济和加以拒绝；企业只负盈不负亏，国家仍然要对国有企业负无限连带责任，企业法人的独立责任无法实现。更为根本的是，即使国有企业的经营权和法人地位得到承认和尊重，由于企业的激励机制等行为机制和企业制度无法真正建立，摆脱困境的可能性非常小。
至于《全民所有制企业转换经营机制条例》（以下简称《条例》）的颁布实施，则是为了推动国有企业走向市场，参与市场竞争，增强企业活力，熟悉市场竞争规则，提高经济效益。该《条例》对于《企业法》的原则规定作了进一步的阐明或具体加以表述，并在某些方面作了延伸和发展。如对于企业经营权作了更为详尽的规定，明确了厂长和职工对国有企业盈亏的责任，规定了政府在国有企业转换经营机制过程中的任务和职责；同时《条例》还明确了全民所有制企业的法律地位和政企职能分开的原则，具体界定了国有企业经营权的内涵以及企业与政府的关系。《条例》作为一种新的改革思路，强调改革的整体性、系统性和根本性。即不仅是放权让利和改变国有企业的某种行为，而是要全面改革，使企业成为商品生产者和商品经营者，具有市场主体的经营机制；不是企图修修补补，而是要进行配套改革，不仅要采取一切必要的改革措施，而且要求这些措施在时间上、空间上密切的地配合与衔接；不是仅仅解决表面问题，而是要从根本上解决困扰国有企业的深层次问题，重塑国有企业的行为机制与企业制度，实现经济体制改革的预期目标。
该《条例》的初衷虽好，但是由于受到现实中诸多既得利益者的牵制和某些“正统”观念的羁绊，存在有重大缺陷，无法实现其立法目的。其最主要的缺陷是没有解决国有企业的产权问题，实际上该《条例》回避了这个根本问题，所有条文丝毫没有涉及这一问题。回避根本问题的结果是不仅企业的激励机制问题无法解决，而且使其它改革目标也无法实现。另外由于留有大量空白规定需要行政机关予以补充，除外规定充斥全法，许多条款都保留了政府的批准程序和权限；而企业的每一项权利都订有附加条件，为行政机关继续插手国有企业的生产经营决策留有余地，因此使国有企业的经营权流于空泛。国有企业的生产经营权在实行过程中层层受阻，新的经营机制根本无法建立。
从以上描述和分析来看，第三阶段改革以实现国有企业具有独立自主的经营权为主要内容和目的，有学者称之为“国有非国营策略”。 所有权与经营权相分离（所谓“两权分离”）仍然是这一阶段改革的理论依据和实践经验。两权分离基本上以解决国有企业缺少独立自主的生产经营权为目标，虽然在推动改革前行等方面居功颇伟，但是无法从根本上解决国有企业问题。它不仅无法实现政企分开，使国有企业具有自主经营权，建立新的经营机制，而且对于国有企业的不能“自负盈亏”问题更是无能为力。这一阶段的改革基本上还处于放权让利的认识水平，只是形式不同、层次有异而已，其改革的思路没有改变。即仍然将生产经营权视为属于企业财产所有者——国家，企业所行使的只不过是国家的授权而已，这就是“两权分离”理论的本质。从这里可以看到企业产权问题在国有企业改制中的重要地位。
在这一阶段，股份制也开始进行试点。1986年12月5日国务院发布的《关于深化企业改革增强企业活力的若干决定》中指出，“各地可以选择少数有条件的全民所有制大中型企业，进行股份制试点。”该决定成为推行股份制的最初的依据。1992年5月15日国家体改委、国家计委、财政部、中国人民银行、国务院生产办公室等部门联合发布《
股份制企业试点办法》、《
股份有限公司规范意见》、《
有限责任公司规范意见》等文件作为推行股份制的依据，随后陆续推出一系列配套法规，如《
股份制试点企业会计制度》、《
股份制试点企业劳动工资管理暂行规定》、《
股份制试点企业有关税收问题的暂行规定》等。股份制试点由点到面逐渐展开。此时作为一种政策性措施，目的是为了改变国有企业的投资结构，激发企业的活力。由于经验不足，许多做法不规范，致使出现很多问题，影响也相对有限。例如许多国有企业将股份制作为一种单纯的筹资手段，利用股票的集资膨胀功能对付当时国家的紧缩政策，以解决自身的资金困难问题。股份制试点由于没有整体规划，所以出现一哄而起的现象，上市公司占股份公司总数的比例高达6-8％，远高于西方国家1-2％的比例，丧失了发展股份制的实质意义。 其次，由于实行股份制试点的国有企业的经营者还是由上级行政主管机关来确定的，导致股东大会被架空，权力被剥夺，仅剩下建议权。这样实际上仍是行政机关在管理、经营企业，股份制成了新瓶装旧酒，换汤不换药。国有企业不仅没有摆脱行政机关的控制，作为国有企业最大股东的国家的所有权代表反而可以更加名正言顺地插手企业事务，实现行政目的。大量小股东对企业的事务决策没有任何影响力，成了任人宰割的无偿贡献者，形成了国家股权行政化和其他股权分散化的格局。科学合理的公司内部治理结构根本无法建立起来。另外从股份制试点的推出，到股份化的实际运作，都是由政府一手操作，因此其本身具有极强的行政性烙印，不利于国有企业的独立成长和发展；而且从中央到地方，政出多门，叠床架屋，政策和法规歧义纷出，导致股份制试点的无序化，极大地扰乱了正常的经济秩序。而将国有企业股份化分为国有股、法人股、职工股和外资股等，由于国有股和法人股性质上仍然认定为国有财产，因此股份制的操作缺乏一个终极所有者，无法形成所有者对代理人的有效约束机制。
第四阶段，从1993年11月起，我国国有企业改制进入以建立现代企业制度为目的的崭新阶段。一般认为现代企业制度的内涵与现代公司制度的含义相同。邓小平先生南下讲话之后，关于姓社姓资的争论被搁置，关于国有企业改制的讨论和实践大大深入，实质性和深层次问题逐渐浮出水面。1993年，中国共产党的十四届三中全会通过了《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决议》，明确提出，我国国有企业改革的方向，是将国有企业建成适应社会主义市场经济体制的、“产权清晰、责权明确、政企分开、管理科学”的现代型企业；决议还指出，国有企业进行公司化改制是建立现代企业制度的有益探索；具备条件的大中型国有企业要积极改制为有限责任公司或股份有限公司。随后，全国人大常委会通过了《
中华人民共和国公司法》（以下简称
《公司法》），对于股份有限公司和有限责任公司的设立、成立，股东的权利与义务以及公司权力结构等内容做了较为详尽的规范，标志着国有企业公司化改制正式进入法律化的阶段。
《公司法》的法律规范虽然不尽完善和合理，但却为国有企业的公司化改制提供了条件、方向以及途径，成为国有企业改革第四阶段的标志。在这一阶段，全国人民代表大会还通过了1993年
宪法修正案，对
宪法第
15条和第
16条作了修正，以配合政府职能的转变和增强国有企业的活力。国有企业的公司化改制既是改革所要达到的目的，也是改革的一种手段。许多人希望通过公司化改制，可以使国有企业摆脱政府机关的控制和干预，获得充分的生产经营自主权，调动企业职工的积极性、主动性和创造性，充分发挥企业和职工的潜力，提高国有企业的生产力和竞争力，保持企业的持久发展，促进国家经济的顺利发展，解除国家对于国有企业的无限责任。同时针对国有企业产权单一化、抽象化的弊端，通过产权多元化和具体化来落实企业的产权，实现出资者的所有权和企业法人所有权的分离，从而促使政企分开，转换经营机制，使企业摆脱对于行政机关的依赖，成为独立自主的市场竞争主体。国有企业的公司化改制目的是为了将市场经济体制和公有制结合起来，将企业改制成社会主义制度下的现代法人企业。这样既保持了国家的出资人地位，又是国有企业在公司法规范下具有独立法人资格，并以盈利为目标进入市场，国家只对企业承担出资人的义务和以出资额为限的有限责任。国有企业改制为公司，首先要确认企业法人财产权，使企业成为资源配置的载体，使其运作受自身利益的驱动，进而实现市场经济体制对资源配置的基础性作用。
