以税代利在规范政府与企业之间的关系上是一个大的变革。它开始以法律形式代替行政命令形式来明确政府与企业之间的利益分配关系，这是政府从财政法规上将企业利润留成制度化、法律化，有利于保护企业的利益和促进企业的发展。税收改革和税种税率的确定，表明企业的剩余索取权（收益权）得到了改革实践和国家法律的肯定和认可。利改税和企业承包经营的实施改变了长期以来政府对于企业的支配关系，使企业从一个按照上级机关的命令行事的被动的附属机构，转变为相对独立的生产经营主体；部分改变了改革开放前几十年来，政府既作为国家代表凭借政治权力收取税费，又作为企业财产所有者和经营者参与投资和分配利润活动的双重角色；改变了长期以来国家直接经营管理企业的机制，首次承认了企业自身特殊而独立的利益和对企业财产占有、使用、收益的权利。企业在实行利改税后财经纪律有所加强，对成本的分析水平有所提高，浪费现象有所改善，占用、挤压等分散国家财力的现象有所减少。
当然，由于认识深度以及观念更新程度等问题，这一阶段的企业改革并未一蹴而就，没有从根本上解决国有企业的改制问题。就政府与企业之间的分配关系而言，无论是“以税代利”还是“以利代税”都没有本质区别，仅仅改变了政府财政收入结构，不因企业效益的好坏而有变化。因为其改制是以承认国家对企业和企业财产的所有权以及计划经济体制为前提的。利改税本身并不能保证企业在平等有序的竞争环境下进行生产经营，企业的激励机制问题并没有得到根本解决。国有企业对行政机关的行政依赖和预算约束问题依然存在，企业仍然无法真正自主经营、自负盈亏。另外由于企业所得税税率较高，这意味着企业利润的55％要交给政府，因此企业缺乏创造利润的积极性。随着1986年以后经济领域出现的宏观紧缩，企业利润和政府收入大为减少，开始陷入资金紧张的窘境。为解决这一问题，必须提出新的改革思路和途径，股份制改造应运而生。国有企业的改制随后进入第三阶段。
第三阶段从1987年到1993年底，以转换企业经营机制为主要内容。这一阶段强调国有企业改制的方向，必须从放权让利转变到转换企业的经营机制上来。本阶段的改革从内容上看，仍然以完善承包责任制为主。随着指令性计划的减少、商品价格的放开，国有企业被推向了市场，被迫按照市场的要求进行生产和经营。为了保证这一目标的实现，最高立法机关先后通过的《
中华人民共和国民法通则》、《
中华人民共和国全民所有制工业企业法》（以下分别简称
《民法通则》和《企业法》）等法律，以法律条文的形式赋予和规定了企业的经营管理自主权； 国务院则先后颁布了《关于深化企业改革、增强企业活力的若干规定》、《
全民所有制工业企业承包经营责任制暂行条例》（以下简称
《暂行条例》）、《
全民所有制工业企业转换经营机制条例》、《<企业法>实施条例》等一系列行政法规，详细规定了国有企业的14项经营管理自主权利；并以利税分流、资金分账、风险抵押等措施强化国有企业自主经营、自负盈亏的能力，使国有企业作为法人的权利能力和行为能力得到进一步加强，使政府对企业的行政干预受到法律和合同的双重制约。 根据
《暂行条例》第
8条的规定，承包责任制的主要内容是“包上交国家利润，包完成技术改造，实行工资总额与经济效益挂钩。”承包者以使用企业财产所获得的利润作为担保，对经营后果负责。该
《暂行条例》规定在实行承包责任制的国有企业建立资金分账制度，将企业资金分为“国家资金”和“企业资金”分别入账。如将承包前企业占用的固定资金和流动资金列为国家资金，而将承包期间所取得的利润留成列为企业资金。这似乎是试图区分国家投资（股权）与企业法人的财产（企业产权）。但是
《暂行条例》第
14条规定，“企业资金属全民所有制性质。”而《企业法》第2条规定，企业资金的最终所有权仍然属于国家。从此规定可以看出，承包制下的国有企业的产权仍然不够明晰。另外，根据民法学原理，孳息收取权应当属于物权（所有权和某些他物权，如质权、留置权等）权利人；企业财产作为一项整体应当属于企业法人自身所有；但是根据上述《暂行规定》和《企业法》，本属国家所有的财产所产生的利润却由承包经营者取得，而企业的财产又分别由国家和企业享有部分权利，并以法律形式予以确认，有悖于民法的“一物一权”原则和孳息的附随性质，因此颇为民法学者所诟病。而且将企业资金作为承包者的风险抵押资金与企业资金的所有权属于国家本身就是矛盾的，这样等于国家以自己的财产，来为作为债务人的承包者清偿对于国家的债务提供担保。这是非常荒谬的。
承包制是放权让利的进一步发展，是在政企职责尚未完全分离、竞争性市场尚未建立、企业组织制度尚不可能进行根本变革的情况下，给予企业某些经营自主权的一种过渡性方法，虽然暂时能够起到一定的缓解作用，却不能从根本上解决问题。承包制是在承认国家对于企业财产享有所有权的前提下的折衷方案，因此国家仍然对于企业财产享有最终决定权，企业的经营权无法得到落实。国有企业在这种条件下进行改革显然无法解决企业缺乏独立自主的经营能力的问题、无法承担限制责任问题、产权不明晰所带来的激励机制问题、承包者、企业负责人以及主管政府官员利用企业财产为自己牟利的投机主义倾向等。另外，承包制与放权让利一样，属于国家向企业和个人单向放权，其收放取决于国家的意志乃至某个主管官员的意志，具有极大的随意性和不稳定性， 政府对于国有企业的实际控制仍然没有放松。如果企业的经营者被调走或者决策失误，企业的生存与发展就会受到致命影响。承包制的目的仅仅是搞活企业，而不是对企业制度进行根本变革。其初衷是调整政府与国有企业之间的关系，放松政府对企业的控制，解决放权让利过程中出现的随意性过大等问题。承包制的激励机制是，政府通过将超过承包合同所约定的应当上缴的利润外的剩余部分赋予承包人的做法，刺激承包人努力提高企业效益，借以搞活企业。但是有利必有弊，承包者为了获得剩余利润，不惜牺牲企业长远利益，通过短期行为以获得较高利益；或者随意处分企业财产，损害企业利益。另外对于大中型国有企业，任何承包者实际上都无力承担承包的不利后果，最终只能由国家来承担承包所带来的负效应。这又会使政府对于承包的态度产生反弹，企图以改变承包条件或限制承包者的自主权等方法完善承包合同，结果使承包制无异于改革前的旧体制。承包合同从性质上来讲，具有主体平等性，有利于确认和保障企业的经营权利；但是通过合同获得的权利同时也具有相对性（对人性）和有期限性，反而不利于企业的经营权利与长期发展。承包人为了在承包期限内获得利益，经常不惜“过度使用权利”，损害企业的利益。作为发包方的政府主管部门通过承包合同的方式来落实计划指标，承包者作为企业负责人的主要合同义务就是完成发包方的计划指标，这样做的结果必然是政府干预承包人，承包人完全支配企业，最终导致企业民主的缺乏。 总之，承包制本身无法保障国有企业成为真正的市场主体，建立完善的企业制度和行为机制。
1988年4月《
中华人民共和国全民所有制工业企业法》的颁布实施，是国有企业改制历史上的一块里程碑。该法第一次以立法的形式明确规定了国有企业对于国家财产进行经营、使用和收益的各种权利与义务，确立了企业作为商品生产者和经营者的法律地位，确定了厂长负责制，企业的法人性质得到确认。如该法第2条规定，企业对于国家授予其经营管理的财产享有占有、使用和依法处分的权利。这一表述与
民法通则第
48条的“企业依法取得法人资格，以国家受与其经营管理的财产承担民事责任”的规定一脉相承。该法第三章详细规定了国有企业经营权的具体内容。它所确定的国有企业经营权，学者认为其性质既不同于“放权让利”阶段行政机关所赋予国有企业的某些权利，也不同于
《暂行条例》所规定的承包经营权。企业经营权是一种不同于以往的全新的财产权利，其内容和性质由《企业法》的规定所设立和确定。正是通过这一权利，国有企业部分地获得了法人的地位。
