在行政诉讼方面，对于发明专利来说，新修改的
专利法和以前的
专利法均规定了专利局关于权利权的最终决定要接受司法审查。这符合TRIPS协议有关获得和维持知识产权的任何程序作出的行政终局决定，都应接受司法或者准司法当局的审查的规定。同时，新
专利法的主要起草者国家知识产权局条法司也认为：“近年来，人民法院的知识产权审判队伍在不断充实，逐步积累了审判专利无效案件的经验，已经有能力审理更多的案件。” 但是，实事求是地讲，我国法院仍然不具备对专利的“三性”进行实质性审查的能力。尤其是我国人民法院绝大多数法官没有理工科学历和专利检索的技术，因此，目前法院仍难以避免在专业技术能力上的问题。
笔者建议，再次修改
专利法的过程中，仍然要贯彻职权分离主义的原则。由于职权分离原则必定导致权利的认定由专业部门进行，这会使权利的稳定性得到保障，既降低了社会成本，提高了社会效益和经济效益，也会降低司法成本和行政成本。再次修改
专利法仍然必须明确专利权的统一授予权在专利行政部门，同时建立统一的专利法院或者
专利法庭，处理专利权的司法审查和侵权判定问题。统一的专利法院或者
专利法庭要主要由专利专业人员组成，以使法院对于专利的“三性”的判断达到职权分离主义要求的权威性、确定性。专利复审委员会仍然要作为专利行政部门的内设机构，以使法律制度维系统一性和行政处分的可复议性。
建立统一的专利法院是有关专利权诉讼的必然要求。侵权诉讼必然牵涉到权利范围问题，权利范围的认定必然影响侵权诉讼的结果。目前行政诉讼与民事诉讼分割独立审判，既造成了效率的低下，也造成了审理上的困难。前述人民法院有关民事审判的规定反映了在侵权诉讼中必然存在的对权利范围的认定问题。而如果行政法庭和民事法庭对权利范围的认定不能很好地统一，必然结果是对职权分离主义的削弱，最终导致权利的稳定性、确定性降低，使专利权人对专利权范围的期望无所适从，进而导致整个专利制度效率和效果的削弱。
专利复审委员会仍然要作为专利行政部门的内设机构不仅是现行
专利法的要求，同时也是现代行政的要求。专利权的认定是国家将财产权力授予私人的行政行为，这一行政行为必然涉及到相关的利害关系人，因此，利害关系人必须享有复议的权利。如果使专利复审委员会成为独立机构，不仅其无效和维持专利权的权力与
专利法上的规定冲突，同时也不符合现有
行政复议法的要求。我国没有统一的法律专门授予专利复审委员会和商标复审委员会这样的机构独立的审查相关行政部门行政决定的权利（准司法权），因此，目前来看，仍然要使专利复审委员会作为专利行政部门的一部分保留在专利行政部门内部。同时，要建立真正的委员会制度，使复审委员会的决定具有相对于专利局的权威性。
