台湾针对大陆的上述贸易和投资限制主要是出于政治考虑，带有明显的歧视性。在两岸均加入WTO后，根据非歧视原则，台湾有义务对上述限制加以取消或调整，给予大陆最惠国待遇。在这一过程中，最基本也是最重要的一步就是开放“三通”（即通商、通航、通邮），使大陆获得正常的贸易伙伴地位。尽管由于两岸问题的特殊性，调整过程注定将会缓慢而艰难， 但WTO框架下的成员义务和争端解决机制无疑会推动和加速这个过程。
四、两岸经贸关系立法的前景
从上述分析可以看出，在处理各自立法以符合非歧视原则要求、促进双边经贸关系发展方面，大陆需要调整对台特殊优惠，台湾则需要取消对大陆的歧视性限制。可以说，障碍主要在台湾一方。
对于台湾加入WTO后在两岸经贸关系立法上的变革不能寄予过高期望。2001年两岸入世前夕，曾有不少台湾学者主张台湾援引GATT和建立WTO协定中的“排除条款” ，拒绝协定内容在大陆和台湾之间的适用，当时外界对此也颇多猜测。权衡利弊过后，台湾在最终加入时没有声明互不适用。但是，这并不表明台湾将来不能/不会利用协定中的其它规定对大陆产品或投资进行限制；相反，台湾完全可能援引GATT中的国家安全例外条款（第20条）、国际收支平衡例外条款（第21条）、反倾销和反补贴条款（第6条）及保障措施条款（第19条）等限制大陆产品或投资。尤其是国家安全例外条款，因为可以在任何时间引用，并且在产品范围上也无严格限制，考虑到两岸关系的特殊政治背景，最有可能为台湾方面所援引。
但是，两岸共同加入WTO的现实毕竟使大陆和台湾有了一个沟通的渠道和合作的平台，为此前因相互间定位的偏差而无法有效进行的谈判和磋商提供了新的手段和契机。笔者认为，两岸合作的近期目标是由各行其是的单边立法转向双边协定，长期目标则是建立包括港、澳在内的自由贸易区。
1、 双边投资保障协定
如上所述，台湾放松对大陆限制的单方立法举措短期内将很有限，两岸借助WTO框架进行磋商，签定双边协定是比较现实的方案；而考虑到台湾目前对大陆投资的严格限制，双边投资保障协定又应优先纳入议程。实际上，早在1990年台湾“海基会”成立之初，即宣布以推动两岸签定投资保障协定作为首要任务。但大陆此后对此议题一直持保留态度，一方面是认为已有《
台湾同胞投资保护法》，足以保护台湾投资者，无须再签定双边协定，即使要签也等到台湾对陆资开放后再进行；另一方面也是因为担心签定双边协定会模糊“一个中国”的原则，造成国与国之间经贸关系的格局。 现在看来，两岸之间的投资关系已由过去单纯吸引台资的单向格局向相互投资转变，因此单有台胞投资保护法显然不够；而如果坚持等到台湾开放投资再签定协定，无疑又陷入了“先有鸡还是先有蛋”的逻辑循环。另外，如前所述，WTO框架内一个主权国家同一个单独关税区之间的投资协定，不大可能对“一个中国”的政治原则造成多大冲击。因此，利用两岸共同入世的契机，以积极、务实的态度进行磋商，早日签定双边投资保障协定，推动台湾对大陆投资更快、更广的开放，应当成为两岸近期的努力目标。
