深层原因之二是土地承包经营权在承包期内流转的问题。全国人大常委会委员、全国人大农业与农村委员会副主任委员、《
农村土地承包法》起草领导小组组长柳随年讲道：“土地承包经营权物权化以后，承包方有权自愿、依法处置其土地承包经营权。从实践上看，目前，全国农村二轮承包工作已经基本完成，随着农业产业化和现代化进程的发展，在稳定家庭承包经营制度的基础上进行土地承包经营权流转，是农业发展的客观要求。一些经济发达地区的实践证明，土地承包经营权依法、自愿、规范有序地流转，有利于推动农业产业化经营和农业、农村经济结构调整和优化，也有利于维护农村土地承包关系的长期稳定。”（柳随年：《<
农村土地承包法(草案)>起草中的几个问题——在“中国农民土地使用权法律保障国际研讨会”上的讲话》，中国改革论坛网，http://www.chinareform.org.cn/cgi-bin/Library/Library_Read.asp?type_id=1&text_id=325）以前，作为债权性质的土地承包经营权如果要转让，必须取得作为发包方的农村集体经济组织的同意。因为在债权债务关系中存在着对债务人信用的判断和依赖。一旦发生的债的转移，也就意味着原债权赖以设立的信用基础发生变化，所以，债的转移不容易发生，即使要发生，也很麻烦。这样就不利于农民采用多种手段灵活自主的生产经营，限制了土地向有生产经营特长的能手集中；也在客观上不利于改变农民依附于土地的自然经济状态，限制了农业从业人员向其他产业的流动，不符合农业、农村经济结构调整和优化的要求，不符合农业产业化和现代化的发展要求。因此，要进行物权化，要使承包经营权的转让摆脱债的转移的束缚而进入物权变动的调整模式。那么依据物权理论，物权具有无须他人意思或行为介入的直接支配的特质，只要做到依法公示，承包人转让承包经营权就无须经发包人的同意而自由进行。
1999年3月，全国人大法工委、全国人大农委和国务院法制办就开始制定《
农村土地承包法》，经过3年多的讨论修改，2002年8月29日终于由第九届全国人民代表大会常务委员会第二十九次会议通过。 该法的核心是“赋予农民长期而有保障的农村土地使用权。”（《人民日报》2002年08月30日第七版，本报评论员文章：《农村土地承包的法律保障》）用物权关系固定和保护土地承包经营权，体现在《
农村土地承包法》里，主要有如下几点：
