可以说《并购规定》在保护债权人利益上还是比较注意的，明确目标企业的公告和通知义务、担保也是合情合法的方式。不过，实践中的问题也不会少：
首先，由于《并购规定》的这些要求不区分资产出售的情况一概适用，有可能目标企业出售的资产价值并不大，对于目标企业的影响也有限，也必须按照公告、通知和担保的程序进行，特别是对所有潜在的债权人提供担保的义务对企业来说并非无关紧要，无疑增大了目标企业进行资产交易的成本，很可能导致交易最终失败；
其次，《并购规定》之处债权人有权要求担保，但是如果提出之后目标企业不提供或者不及时提供如何处理还不明确，债权人是向法院主张权利还是向审批机关寻求救济也是问题。需要注意的是，转让资产需要对原有债权人提供担保并非我国民事法律规范中的规定，而是《并购规定》所特设的要求，而我国民事法律规范只是针对某些特定情况赋予了债权人要求撤销债务人行为的权利，例如《
合同法》的七十四条：“因债务人放弃到期债权或者无偿转让财产，对债权人造成损害的，债权人可以请求人民法院撤销债务人的行为。债务人以明显合理的低价转让财产的，对债权人造成损害，并且受让人知道该情形的，债权人也可以请求人民法院撤销债务人的行为。”从这些规定可见，外国投资者与目标企业之间的资产购买协议并不以通知、公告合担保提供为生效条件。与此相对应，在审批机关要求提交的文件中，只是要求提交通知、公告的证据，并没有要求提供已经进行了担保的文件，因此债权人能否凭借《并购规定》寻求审批机关的救济存在不确定。
6、对价支付和出资缴付问题
作为一项民事交易，《并购规定》并没有限制买卖双方对价的支付形式，只要双方能够达成一致，外国投资者可以以现金、实物、无形资产及工业产权等多种形式作为并购交易的支付对价，但前提是应符合我国法律、行政法规的要求。同时，为了监管资本项下的外汇支出，防止变相向境外转移资本，外国投资者以其拥有处置权的股票（境外上市的股票或境内B股）或其合法拥有的人民币资产（指可变现为外汇合法汇出境外的）作为支付手段的，须经外汇管理部门核准。
为使并购交易迅捷、有效的完成，保证并购后设立的外商投资企业顺利地开展生产经营活动，《并购规定》还结合关于外资企业出资方面的规定具体列明了外国投资者完成对价支付的时间界限――自外商投资企业营业执照颁发之日起3个月内向转让股权的股东，或出售资产的境内企业支付全部对价。对特殊情况需要延长者，经审批机关批准后，自外商投资企业营业执照颁发之日起1年内付清全部对价，并按实际缴付的出资比例分配收益。之所以规定“按实际缴付的出资比例分配收益”，是因为在外国投资者向出让人（原股东或资产出售企业）支付全部对价前，不应当得取得符合其持股比例的全部收益，而只能按照其向出让人支付的比例，获得部分收益，一方面维护并购交易各方当事人的权益和公平，另一方面也督促外国投资者尽早向出让人支付对价，完成交易。
