按照一般的法律规则，企业的独立资格只要存在，那么其就要承担自身的债权债务，《并购规定》也据此对被并购企业的债权债务承担问题做了原则性规定。在股权并购的情况下，由并购后所设外商投资企业应承担并购前企业的债权和债务。在资产并购的情况下，由于被并购境内企业仍然存续，只不过其资产转变为了货币形态，因此原则上其原有的债权和债务应由其自己承担，而不由并购后所设外商投资企业来承担。
　　（1）作为上述原则规定的补充,《并购规定》允许外国投资者、被并购企业、债权人及其他当事人另行协商，通过协议方式处置被并购企业的债权债务。因为既然并购性质上一个民事交易行为，那么债权债务也可以按照民事法律的规则来进行处理，主要是通过转移来进行。依照我国合同法这方面的规定，债权人在通知其债务人后，可以将自己的债权转移给第三人承受；债务人在取得其债权人同意后，也可以将自己的债务转移给第三人承担。在这两者之间，债务的转移是最受关注的。
　　在实践中，由收购者或第三人承担目标企业债务的情形，主要发生在目标企业被整体购买的情况下，典型的就是“偿债式”（或称承债式）兼并的情形，在一定情况下可有效解决一些国有企业存在的债务包袱、资不抵债以及职工安置等问题，这也是《并购规定》专门就债权债务转移作出规定的一个基本出发点，那就是积极引导外资参与困难国有企业的改革。当然，《并购规定》也不排除仅仅对目标企业的部分债权债务的处置达成协议的情况，但这时至少目标企业的独立地位应该还存续。
　　但是，债权债务的转移也并不是毫无限制的。鉴于实践中存在因企业恶意转移债权债务，导致第三人权利受损的情况，《并购规定》特别要求债权债务处置协议“不得损害第三人利益和社会公共利益”，并且这种债权债务处置协议也要报送审批机关审查。不过实际情况中可能出现的问题是，当有第三方认为债权债务处置协议损害了自己的利益时，这个第三人怎样来主张还是有点不清楚，向法院去起诉，还是向审批机关提出要求呢？审批机关能否和是否有权作出判断呢？从审批机关的角度来看，因为其审查重在程序性和要件必备性审查，同时其也根本不可能掌握企业的债权债务的具体情况，因此要其作出判断似乎是很困难的，因此可以推测这个规定主要出于事先防范而非监管的目的。
　　（2）如果没有债权债务处置协议，那么“冤有头，债有主”，目标企业仍然需要对自己的债务负责。在资产并购的情况下，目标企业出售了资产，外国投资者支付了对价，只要交易是公平合理的，那么目标企业的偿债能力应该不会有大的变化。但是，实践中不正常的资产出售情况是屡见不鲜的，这往往损害了目标企业债权人的利益，导致其债权处于不能被满足的危险之中。出于维护交易安全和稳定，保护债权人的利益的目的，《并购规定》对于资产并购设置了公告和通知程序，要求出售资产的境内企业应自作出出售资产决议之日起10日内，向债权人发出通知书，并在全国发行的省级以上报纸上发布公告。债权人自接到该通知书或自公告发布之日起10日内，有权要求出售资产的境内企业提供相应的担保。

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