第一、单位共同犯罪是否区分主从犯。几乎所有单位共同犯罪案件均未区分主从犯，但在个别案件中提到了有关个人在共同犯罪中的地位和作用，是着眼于各个个人的刑事责任的角度来考虑这个问题，似乎单位成员纯粹以个人的身份在和其他人实施共同犯罪，单位在这里成了单纯的受罚主体，这种思路是不恰当的。
第二、对单位共同犯罪中单位外的自然人如何处罚？有的认为，单位与单位外自然人共同犯罪，应当分别承担各自的责任，对单位判处罚金刑、对单位内成员判处自由刑，对单位外自然人则同纯自然人犯罪一样判处刑罚；有的对单位外自然人与单位内部成员同罚。我们认为，单位犯罪中，之所以要对单位内部成员单处自由刑，而不处罚金刑，一方面是考虑到单位内部自然人是在单位意志支配下实施犯罪行为，其同单纯自然人犯罪相比主观恶性要轻；另一方面，对单位内部成员不处罚金刑，是因为单位成员并没有自己独立的直接利益归属，对单位处以罚金刑，其相应的
刑法效果也及于其内部成员。但是，单位外部自然人与单位共同犯罪，它们有着自己独立的利益归属，对单位处以罚金刑对其也毫无效果，因此，对他们依照单位犯罪内部成员同样处罚，实际上放纵了犯罪，不利于惩罚单位外自然人的贪利性。
4、 行政处罚问题：
单位因同一行为已经受过行政处罚的，是否列入单位犯罪的数额？对已受到的行政处罚如何处理？ “一事不二罚”这是应当遵守的原则。但是，另外一方面我们不能以行政处罚代刑事处罚，放纵犯罪。所以，我们认为，对于已经受过行政处罚的一般违法行为，就不应当再计入累计的犯罪数额。另一方面，对于已经构成犯罪的行为，而行政机关又实施了行政处罚的，首先，相应的数额仍然应当认定为犯罪数额的一部分，相应的行政罚款可以折抵罚金。最高人民法院已经有了这样的司法解释，实践中也是这样操作的。
5、 自首与立功问题：
我国刑法是否规定了单位自首，理论上不无争论，但单位是可以实施自首或者单位成员的自首在一定条件下可以认定为单位自首，这应当没有争论，而且司法实践中已经有了认可单位自首的具体做法。但具体操作并不统一，主要有：一、认定为单位自首，其表述为“被告人陆昌生作为被告单位齐逸公司法定代表人，在受到司法机关询问时主动交代了犯罪事实，符合法律规定的自首情节，可依法对被告人陆昌生从轻处罚”，似乎可以认为这里将单位成员的自首认定为单位自首，但在自首的效果表述上，并未突出对单位的效果，而单单表述了对有关成员的效果。另外，因为单位犯罪中对单位的罚金刑是没有幅度的，对单位的处罚是否从轻或者是否减轻，根本无从知晓。因此，在认定有关人员的自首构成单位自首时，应当明确表述为单位自首及其相应效果。其次，认定为单位自首时，对其他未亲自自首的有关单位成员，也应当产生相应的效果。二、仅仅认定有关成员的个人自首，仅对个人有效，不认定为单位自首。
