由于我国社会向市场经济体制转型，公证机关经历了由行政机关转为中介组织再到事业法人一波三折的变迁，至今仍未完成新旧体制过渡，具有行政编制的公证机关与独立的公证组织以及嶄露头角的事业法人在相当长一段时期内还将共存，这无疑增大人民法院受理有关公证行政案件的难度。由于公证体制在转型过程中的复杂性，加上各地改革进程步伐不一，致使各地法院对受理公证案件态度迥异，虽有适应实际需要，但却损害了国家司法的统一性。因此，解决问题的根本出路在于加快公证体制改革，缩短新旧体制过渡期，确立事业法人性质的公证机构在履行国家公证职能时的行政主体地位，以适应行政诉讼的发展要求。
3、涉及准行政行为的行政赔偿问题复杂，解决难度大。在司法实践中，涉及准行政行为的行政赔偿问题突出表现在行政主体作出的登记、证明、确认、鉴定等行为给公民、法人或其它组织合法权益造成损害时，行政主体是否承担赔偿责任，承担多大的赔偿责任。由于这类案件多发生在不动产或与民事合同行为有关，涉及财产标的巨大，行政赔偿义务机关很难兑付赔偿金额。譬如，房屋登记机关应相对人的申请，办理房屋初始登记、变更登记或者抵押登记，未查清主要事实，致使利害关系人的合法权益受到损害，利害关系人能否请求房屋登记机关给予行政赔偿？行政主体登记虽有错误，但致害后果主要由第三者造成，行政主体由此承担什么责任？行政主体的证明行为错误，是否必然导致行政赔偿？当事人签订合同引进技术失败，能否归咎于行政主体对有关技术合同标的所作出科学技术成果鉴定错误，进而要求行政主体为其错误鉴定承担赔偿责任？等等。这些问题在实践中争议很大，司法部门通过个案的审理作了一定的探索，尚亟待学界同仁给予理性回答。
（1）在行政登记中，因登记机关工作人员的疏忽或失误，造成权利人财产损失的，由于登记机关的违法登记行为与权利人损失之间存在的直接因果关系，且符合国家赔偿其它构成要件的，在这种情况下，登记机关应对其错误登记行为承担行政赔偿责任。通常，登记机关在登记时享有收费的权利，就应当承担其错误登记给当事人所造成的损失，以体现权利义务对等的原则。至于损失金额的认定，在目前的法律框架下以直接损失为限。
（2）登记申请人通过虚假陈述或伪造有关证明材料，诱使登记机关工作人员认识错误，骗取登记。在这种情况下，登记申请人的行为对真正权利人构成民事侵权，登记机关本身也存在违法登记事实，登记机关的违法登记与申请人的过错共同构成真正权利人财产损失的原因。此时，要确定登记机关能否承担赔偿责任，法官存在自由裁量的空间。法官应联系法律规定登记机关对申请所负审查义务的深度和广度，以形式审查为主还是实质审查为主，以及登记申请人的虚假陈述或伪造的证明材料能否为一般人的智识所不容等诸因素予以通盘考虑，综合判断登记机关能否承担赔偿责任，在多大程度上承担赔偿责任。
（3）行政主体违法行使证明权或滥用证明权，可能给公民、法人或其它组织合法权益造成损害，但并不绝对。因为证明行为并不直接为相对人创设权利义务，而是对已经存在的权利义务或者事实加以确认，如果这种确认后来被发现是错误的，是否必然产生损害后果，主要取决于原来的法律关系和法律事实，证明行为只是造成损害后果的多种原因之一。在这种情况下，让行政主体承担起全部赔偿责任是不公允的，也不能因真正加害人无力赔偿而将其赔偿义务全部转移给行政主体。因为，在承担责任的方式上，行政主体不可能与真正加害人承担连带责任，除非有共同行为的故意。法官应根据行政主体行使证明权的违法程度及在造成损害后果中的地位和作用，确定行政主体应承担的责任。
（4）公民、法人或其它组织与他人签订技术转让合同后，行政主体以科学技术成果鉴定的形式对技术转让合同的标的作出评价，加强了有关当事人对履行技术转让合同的良好预期，但合同履行后没有产生经济效益，事实证明行政主体的科学技术成果鉴定结论有误。但根据法律规定，成果鉴定不是技术转让的必备前提，因而也不是转让成功，产生经济效益的保证。受让方在买技术时可以把成果鉴定结论作为参考，但不能作为转让技术可靠与否的法律依据。作出成果鉴定的行政主体不承担技术转让中的法律义务。在这种情况下，我们判断行政主体的科学技术成果鉴定与损害后果之间没有法律上的因果联系，行政主体虽可承担错误鉴定的行政责任，但不应对当事人的损失承担赔偿责任。（参见附件2：（2003）渝高法行终字第22号行政赔偿判决书）
4、诉讼主体资格混乱，裁判方式尚待完善。
在公证行政案件中，被告问题一直未得到解决。公证处能否作为行政诉讼被告各地法院做法不一，有的地方公证处可以作为被告参加行政诉讼，有的地方要求相对人必须先向司法行政机关申请复议，然后以司法行政机关为被告参加行政诉讼。（参见附件3：两份相反裁判文书：“（2002）碚行初字第68号行政判决书”与“（2002）万行初字第10号行政判决书”）分岐根源仍在对公证机关性质的判断上。有人否认公证机关属于具有国家行政职权的机关和组织，并认为公证并不创设公法上的权利义务，对当事人的权利义务无实质性的影响，公证处履行的证明行为不属履行行政职能，而属于本身固有的证明业务。对此类公证行为若必须提供救济，只能通过复议前置，将准行政行为转换为具体行政行为，使之变得可诉。在这种情况下，司法行政机关恒定为公证案件的被告。正如前文所述，我国公证体制的复杂性决定公证机关性质并不单一，不排除有的公证处已演变为社会中介组织，市场因素对其行为起主导作用，因此，这种做法有一定道理。但是，如果无视我国公证机关的具体情况，采取一刀切的办法，取消所有公证机关的行政诉讼主体资格，则不可取。况且，那种不管司法行政机关是维持还是撤销公证处的公证行为，被告恒定为司法行政机关的做法，违背了
行政诉讼法关于经过复议的行政行为确定被告的原则，加大司法行政机关的应诉负担。
