虽然企业法人的章程变更也需要经过管理机关的审查，但是在企业法人之下，这是基于私法自治，监管机关应当只有有限的审查权。但是在财团法人，行政机关享有的是决定权，也就是说乃是基于自己的判断而为决定。当然，监管机关通常不宜主动介入，法律上最好列明可以提出申请的利害关系人的范围。应当包括，董事会决议、捐助人、潜在受益人等。为了防止行政机关滥用职权，应当明确赋予董事会（以财团法人自身的名义）、捐助人、潜在受益人提起行政诉讼的资格。
6．财团法人的解散事由和剩余财产的归属。现行法（几个条例）中对财团法人的解散事由，除了对因为进行了违法行为而被民政部门撤销之外，并无其他规定。从理论上来说，如果章程中规定了特定的解散事由，比如规定了法人的存在期限，或者其他特定事由，应当解散。但是现行法上有两个重大问题。第一是我国法律上只有企业法人的破产制度，可是其他私法人都可能因为不能清偿债务而有依破产程序对债权人公平清偿债务的需要。所以，我国的破产法需要完善。当然，这个问题可能并不紧迫，但是并不是不需要考虑。第二个问题是谁可以决定财团法人的解散。现行法上对此没有规定，但是从法律条文的隐含意思以及经过批准的一些财团法人的章程看，似乎是允许的捐助人在章程中自由规定，包括可以规定，董事会有权决议解散财团法人。基于和上述“章程变更”部分相同的理由，虽然应当允许董事会作出此类决议并提交政府决定，但是监管机关应当有完全的决定权。
法人解散后剩余财产的归属，按照有关政府官员的解释，应当“在业务主管单位和有关部门的指导下，用于发展同类型的民办非企业单位，不得挪作他用。”[17]这种做法过于僵硬。应当允许章程中对剩余财产的归属做出规定。但是限制条件是不能够归属于自然人或者营利性团体。[18]对于公益性财团法人，还应当特别规定为必须归属于其他公益性的团体或者政府。否则，一个中间法人（非公益、非营利的法人）可能因此而间接地享受原本不得享受的税收优惠，显然不妥。
7．捐助人与财团法人的财产关系的一个特殊设计。财团法人的性质决定了，财团法人设立、捐助财产转移后，就归财团法人所有，捐助人便在财产上完全与财团法人脱离关系（即便他们还可以根据章程成为法人机关的成员）。为了确保财团法人真正的非营利性，在剩余财产分配上也须按照上文阐述的原则加以规定。
但是我国由于经济还欠发达，慈善捐助的传统也似乎相对欠缺，所以有必要在制度设计上更能够吸引“投资”。至少有一个不妨碍财团法人的非营利性质的方案可以考虑：章程之中可以特别规定，出资人可以在一定条件下，将自己的捐助财产本身“收回”，但不得附加任何利息或者红利；如果在财团法人存续期间没有完全收回，则可以在法人终止的时候，请求返还最初出资。这样，如果有些人愿意拿出财产捐助财团法人，又不希望就此完全丧失财产利益，而是希望将来可以（至少可能）收回出资本身，就可以在这种制度下满足自己的需要。《
社会力量办学条例》第
43条规定，教育机构清算后的剩余财产应当先用来返还或者折价返还举办者的投入，其余部分由政府主管机关安排。其他特别法中虽然没有明确规定，但是实践中似乎也有类似的做法。比如著名的天津鹤童老人院的举办者后来就收回了最初的60万元“投资”。[19]大陆法系各国以及英美的公益信托制度中都没有此种设计，但是考虑到我国的民间从事公益事业的传统比较薄弱，这种制度既然能够更多地吸引人们投入资金，似乎有推广的价值。当然也需要在细节上精心设计，防止被滥用。[20]比如，如果捐助人以实物捐助，这些实物被财团法人处分后，只能折价返还，为了防止有人通过不正当手段估高实物的价值从而将来得到超出其原先价值的金额，对于章程中有此种规定的财团法人，需要在实物估价上有更加严格的程序。另外，为了保障债权人的利益，参照
公司法有关规定的精神，[21]捐助人只能够就财团法人资产的增殖部分请求返还，在财团法人终止的时候须在所有债务清偿完毕后才能够就剩余财产请求返还相当于自己捐助财产的数额。
