《
基金会管理办法》对基金会的组织机构没有规定。尽管《
社会团体登记管理条例》中对一般社会团体的组织机构略有说明，[7]但是由于基金会没有会员，所以难以直接适用。所以，这方面的法律基本处于空白状态。从逻辑上说，似乎可以全然由章程来规定设置何种法人机关及其职权。
2．民办非企业单位制度
“民办非企业单位”概念在1996年中共中央办公厅、国务院办公厅《关于加强社会团体和民办非企业单位管理工作的通知》（中办发[1996]22号）中第一次正式出现。1998年10月25日颁布的《
民办非企业单位登记管理暂行条例》中第一次比较系统的规定了有关制度。这个概念属于我国独创，没有先例，该制度的具体内容上也有很多在国外没有任何先例的地方。到底该制度的各项规定应当如何解释、妥当性如何，显然面临着一般法学研究中所没有的困难。
根据《
民办非企业单位登记管理暂行条例》第
2条的规定，民办非企业单位是指企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。可见，民办非企业单位的法律特征主要有：（1）不以营利为目的；（2）以进行社会服务为其业务；（3）初始财产主要为非国有资产；[8]（4）举办者是企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及个人，不包括党政机关；（5）民办非企业单位的民事主体地位，包括个体、合伙和法人三种（《
民办非企业单位登记管理暂行条例》第
12条第1款）。[9]
民办非企业单位所从事的行业，法律上并没有限制性规定。民政部1999年发布的《
民办非企业单位登记暂行办法》第
4条中列举了教育、科学、文化、卫生、体育、民政等九类，再加上“其他”。
民办非企业单位的组织机构问题，法律上没有统一规定。《
民办非企业单位登记管理暂行条例》第
10条规定设立民办非企业单位的章程中须包括“组织管理制度”和“法定代表人或者负责人的产生、罢免的程序”，似乎显示将此问题完全委之于举办者制定的章程。
3．事业单位法人的概念及其与其他类型法人的关系
《
民法通则》对事业单位没有进行定义。民法学界在研究中将其理解为从事教育、科学、文化、卫生等事业的以公益为目的的法人，其范围不仅可以包括传统的以财政拨款设立的事业单位，还包括其他资金来源的此类组织，比如集体所有制的组织。[10]也有学者明确认为事业单位包括了“民办事业单位”，即由公民或者其他社会组织举办的此类组织。[11]
1998年，国务院颁布了《
事业单位登记管理暂行条例》。其中第2条规定：“本条例所称事业单位，是指国家为了社会公益目的，由国家机关举办或者其他组织利用国有资产举办的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。”这是法律上第一次对事业单位的含义做出明确的界定，其范围显然窄于上述民法学者的理解。该条例作出这种比较狭义的定义的原因之一是，国务院同时制定了《
民办非企业单位登记管理暂行条例》，将过去的所谓“民办事业单位”，包括集体所有制的事业单位，以一个新的概念“民办非企业单位”来概括。由于《
事业单位登记管理暂行条例》中对事业单位的定义并非试图直接对《
民法通则》中规定的“事业单位”做出解释，而且《
民法通则》中并没有规定所谓的“民办非企业单位法人”，所以也未尝不可以将《
民法通则》上的“事业单位”理解为包括了两个条例中所规定的“狭义”事业单位法人以及民办非企业单位法人两种类型。有学者事实上持此种观点。[12]
