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与WTO对上述法律部门全方位的直接冲击相比，中国加入WTO对税法的影响除了关税法之外相对间接得多。研究如何利用WTO的现有规则体系，最大程度地发挥关税在限制进口、保护民族产业方面的作用，是关税法改革面临的重大议题。
有的学者认为，关税减免既不符合国际经贸惯例，也违背了世界贸易组织国民待遇原则，且造成了国内市场的不公平竞争，因此，应逐步取消各种减免优惠政策，在此前提下降低关税水平，消除名义税率与关税实际征收率之间的差距，同时优化关税结构，以体现我国的产业政策。另外，应当改变中国原有单一的关税结构，建立包括从价税、从量税、季节税、复合关税、紧急关税等在内的特殊关税制度，建立我国反倾销、反补贴法律体系，以期达到对本国产业、产品和国内市场适度保护的目的。[55]
我们认为，与普通关税法相比，WTO对反倾销税法和反补贴税法关注的出发点是不一样的[56]。
学者们还热烈地讨论了中国涉外税法与世贸组织规则的积极冲突以及防治对策，比较一致的结论是，WTO的各项协议和各项规则性文件中，同税收密切关联的是最惠国待遇原则和国民待遇原则，此外还有关税减让原则、反补贴、反倾销原则、透明度原则、例外原则和发展中国家优惠原则。我国现行税收法律制度中的确存在着若干与WTO的要求不相符合的地方，如用税收支持“以产顶进”和“以出项进”；按出口业绩减免税；进口产品税负高于国产产品；进口项目投资抵免限于国产产品；即征即退限于某些企业的国产产品等。为此，应对现行税法进行一次全面清理，对明显属于违反WTO原则和规则的规定区分不同情况分别处理，有的要立即主动调整、改革，有的可在过渡期内稍加缓冲，还有的如果不造成其他成员国经济损害，而又确需保留的，也可暂时保留，待有关成员申诉时再做处理。[57]
另外，我国的涉外税收优惠法律制度也是近年来学者们援引WTO国民待遇原则经常予以关注和批评的话题，认为由于内在的制度缺陷及其所体现的政策导向的偏差，外资税收优惠法律制度在发挥积极作用的同时也对我国的经济持续、健康、稳定的发展带来了一些不利的影响，主要表现在税收优惠内外有别、层次过多，税收优惠方法单一，对产业政策体现不够等。[58]
最后，WTO关于法律的透明度和统一实施要求对中国税法的建设无疑提出了更高的标准，这会在一定程度上和一段时间内与中国税法发生摩擦，[59]
总体而言，我们认为，加入WTO对中国税法的直接冲击并不大，除了关税法的改革必须亦步亦趋地与中国在“入世”谈判中所承诺的义务保持一致外，其余的方面可以根据形势通过微调加以解决。但是，这绝不意味着WTO对中国税法的影响就此为止，恰恰相反，与加入WTO对中国税法的制度性影响相比，[60]WTO所代表的世界多边自由贸易体制及其内含的经济自由化、一体化及法治化观念对中国税法的冲击更为长远和持久。中国税法除了考虑如何修改旧法或制定新法以保持与WTO规则的一致外，更需高瞻远瞩地为中国经济的改革开放积极有效地发挥作用。在新的形势下，继续强化为市场经济发展和对外经贸合作服务，加强税收法治、促进依法治税，在努力维护税收主权的同时积极与国际接轨，是WTO对中国税法在观念上的最高层次的冲击。[61]
（三）电子商务与国际税法
随着全球电子商务的蓬勃发展，网络贸易已经成为一种越来越重要的交易形式。由于网络贸易与传统的交易方式大相径庭，许多活动已经从“有形”变成“无形”，从而使税法上的许多程序性要素，如纳税地点、纳税环节等非常难以确认，同时也很难确定哪个国家当然
享有税收管辖权，使税法、特别是国际税法遭受了很大的挑战。电子商务在某些方面与传统的国际税法基础理论发生了根本性的冲突，也使得世纪之交的国际税法承受了前所未有的压力。[62]
1．关于国际税收管辖权的确定标准
常设机构的确定直接关系到经营所得来源地的确定，以及相关主体税收管辖权的行使。在电子商务中，人们往往通过网站、服务器、远程通讯设备直接进行交易，而不一定非要在他国设立传统意义上的“常设机构”。[63]而对于这类基础设施是否构成常设机构，各国往往根据本国的利益加以判断和确定。如美国、日本等技术出口强国就持否定态度，不主张由所得来源地征税，而一些技术进口国则坚决主张将这类设施视为常设机构，以保证自己拥有优先的属地税收管辖权。这种分歧的存在使得传统的管辖权理论无法有效发挥作用，税收纠纷自然难以避免。
住所是判断自然人和法人居民身份的重要标准，[64]但是，跨国网络经营却动摇了传统的“住所”的基本概念。外国公司通过国际互联网在内国的活动通常不需要设立住所，因而很难对其行使管辖权。由于不需要在固定地点办理机构的设立登记，而地点本身是变动不居的，因而传统的登记地、管理控制地、总机构所在地等确定居民的标准同样难以把握，税收管辖权的冲突也会越来越尖锐。
2．关于征税对象的发展
信息社会的发展会在很大程度上扩大征税对象的范围，同时也会使商品与服务的区别日趋模糊，从而增加征税的难度。如文字作品、音像作品、电脑软件改变传统的书籍、磁带或光盘的形式，而在数字化后直接通过网络销售就属于这种情况。而信息加密技术的发展和易于传输复制的特性更使征税机关很难确定征税对象的具体性质。一项所得究竟属于营业所得、劳务所得还是投资所得、资本利得，适用税率可能会有很大的不同，这对于实行分类所得税制的国家无疑是一种冲击。
3．关于税收征收管理
首先，网络贸易“无纸化”程度越来越高，而电子账簿、凭证易于篡改且不留痕迹，税收征管、稽查逐渐失去了“物化”的纸制凭证基础，难度急剧增加。特别是在金融领域，“电子货币”、“电子银行”的发展使得交易越来越隐秘，大大超出了现时征税机关的稽核能力。其次，网络的发展为厂商之间及厂商与消费者之间的直接交易提供了大量的机会，从而严重削弱商业的中介作用，也使得税法上久已形成的代扣代缴制度的作用受到削弱，对税收征管会产生很大的影响。最后，由于无法对一些无形的凭证贴花，因而很难对这些凭证采用贴花的方式征收印花税，甚至应否对“无纸化”的交易凭证征收印花税都有人表示怀疑。
4．网络贸易征税问题
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