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１、专家证人的资格认定。在医疗纠纷中，为了保证专家证人在法庭上出具意见的科学性和权威性，必须对专家证人的资格做一个事先限定：一是给予相关的医疗机构（如果是医院，通常要对级别有所考虑）或者医学研究机构以集体鉴定资格，二是对鉴定负责的具体人员要考虑专家的职称、学历、对该领域的熟悉程度等，三是对不属于前述范围的自由研究者或医学从业者的资格认定应采取严格认证主义。经过认证后，这些鉴定机构或人员可以领到法院所颁发的专家证人资格证书或者进入到法院的专家证人名单中，当然这是就一般资格而言，并不代表其在具体案件中的具体资格。
２、当事人的委托与专家证人的立场。医疗纠纷案件中，出庭的专家应由双方当事人各自来委托，鉴定和出庭的费用也由当事人来承担，当然在某些例外情况下法院也可以指定专家证人。既然专家证人是由当事人聘请,其一般会提供有利于当事人的证言,因而存在带来不公正的可能性。基于此，对专家证人立场的规定应该是比证人要求稍偏重中立性的定位，并可参照实行日本的“证据共通”原则来加以保障。当然，事实上不可避免的偏向于当事人一方却正是专家证人制度存在的必要性体现，因此专家证人的党派性是被有限度容许的，此限度主要表现在专家证人不得如律师那样享有保留委托人秘密的特权，而需要向法庭提供其客观的研究结果，否则可能会以作伪证受到处罚。
3、专家证言的采信。按照“对抗的二重机制”原则，法院在当事人提出专家证人出庭的申请时对专家证人资格进行审定，对方当事人亦可提出反对意见；在专家证人的资格得到确认以后，法庭再对专家证人所作的证明（包括鉴定结论、相关学术问题的分析意见）等进行审查和当庭质询。此时，双方延请的专家证人即可在法官主持下围绕具体案件的认定展开辩论。法官在专业人士的帮助下，可明确地看出双方争执焦点所转化成的几个医学问题上的分歧及因果关系判断等。
这里的好处在于，能够把鉴定结论作为案件审判根据的时间适当地推迟至法庭充分辩论之后，而按现行法的模式，鉴定结论是一开始就被作为有效的证据采纳，当事人一旦“没有足以反驳的相反论据和理由的”，就可以认定其证明力。但倘若当事人没有专家证人的帮助，很难想象会在当场提出“足以反驳的相反论据和理由”，即便能够推翻原鉴定结论，法院亦要委托新的鉴定结构（通常是上级鉴定机构）做出新的鉴定，但是此时已经延误了时间，而医疗纠纷案件中病人的病情通常是不稳定的，时间久后对当事人主张的医院侵权行为所造成的原始后果是否属实的因果关系就很难再查清，更何况第二次、第三次鉴定本身就无法保证鉴定的科学性和准确性。因此，与其冒着不断错误鉴定的风险，还不如让专家们能够走上法庭来讨论，当专家证人的意见一方的证明力高于另一方时，法官就能够做出合理的判断，此时诉讼就不会因证据的不明确而无法进行下去。
最后，有一个棘手的问题是，对待“死亡”标准之类纯科学的争议，法官如何来采纳？是否一定要按照医学的通说？笔者认为，参考刑事实务对“安乐死”的处理，并比照日本最高裁判所的一个著名判例 ，我们应对科学上的判断与诉讼上的判断做一个适当区分：诉讼上应保守地采纳医学的现有成果，并充分考虑社会一般人的观念和接受程度，而且在这里要加重考虑医院一方的责任，比如在医院的职责是救死扶伤还是减轻病人痛苦两者间，法院自应认定前一种作为医院的最主要职责，医院不得以后者作为抗辩前者的理由。因此，对鉴定人围绕纯科学问题的争论，法官应只作为考虑因素对待，一般不应以哪方在科学研究的“话语”更权威作为判断的直接依据。
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