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（1）、税收优惠内外有别，减弱了中国国内企业的竞争力。
（2）、税收优惠层次过多，相互之间时有冲突和效用抵消，不利于正确引导外资的投资方向，也人为的造成了外资在全国各地的不平衡。
（3）、税收优惠方法单一，主要体现在所得税上，而且以直接降低税率或者减免税额为表现形式。使得长线投资与技术密集型产业受益很少，也导致了过多的规避税法的行为发生。
（4）、税收优惠对产业政策体现不够。现行税收优惠制度偏重于地区性优惠，而对国家需要优先发展的产业，特别是高新技术产业和经济欠发达地区重视不够，税收优惠产业引导力不强，导致了外商将过多的资金投入规模小、技术质量低的行业。
我国现行税收政策虽然没有根本违背WTO的有关协议，但是长期以来，我国在设计和制定涉外税收政策时一直重视吸引外资的流入，由于历史原因，没有或者很少从世界经济一体化、从我国经济加入世界经济的角度考虑问题。而对外资实行优惠实质上就是对内资的歧视，推动外资流入的同时，也削弱了内资企业的对外竞争实力。所以，这实际上是一种促进外资融入我国经济，但却可能阻碍我国经济融入世界经济的税收政策。
如前文所述，税收优惠在影响外国投资流入的种种因素中只起次要作用，影响外资的主要因素是我国的政局稳定、市场的发展和增长潜力、经济体制的类型以及基础设施的状况、法制环境等。 再加上，涉外税收优惠制度发挥作用还必须考虑投资者母国以及引资竞争国的税法因素，特别是投资者回国后能否享受税收饶让待遇更是税收优惠能否真正使投资者受益的关键因素。 因此，税收优惠对吸引外资的刺激作用是有限的。中国取消外资的超国民税收优惠待遇，根据国家经济发展形势和产业发展需要，实行内外一致的税收制度。以后，只要继续着力于改善宏观投资环境，以中国如此巨大的市场和经济增长空间，以及丰富的资源、廉价的劳动力成本，是不难吸引外资到中国投资的。因此，中国税收优惠制度改革的基本方向是取消外资税收的超国民待遇，实行内外完全一致的税收优惠法律制度使内外资企业在平等的起点上公平竞争， 其具体改革措施可以如下：
1、明确税收优惠立法权主体，保护税收优惠措施的合法性。应该明确立法权属于最高的立法机关，退而求其次的做法是属于国务院，而财政部与税务总局仅可做合理的解释以维护和保障税法的权威。
2、改革税收管理体制，规范区域性税收优惠措施。
3、建立税收支出预算管理制度，提高税收优惠的效率。
4、在统一税法的基础上统一税收优惠，保障内外资的法律地位平等。
5、取消税收优惠的普适性，逐步废除对境外资金不分规模、不分技术层次，不分行业市场给予税收优惠的做法。在此基础上调整税收优惠结构。地区性优惠改革应紧密结合产业政策发展的需要，引入产业性、技术性税收优惠的内容。例如对于投资于农业或者开垦荒山、荒地的外资给予更多的优惠。对于为了鼓励出口，根据出口实绩给予不同等级的税收优惠的做法，容易被归入TRIMS协议所禁止的投资措施和《补贴与反补贴措施协议》所禁止的补贴的行为，引发投资或者贸易争端，有必要在过渡期内逐步改革。
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