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但有些协定不仅援引了本谅解，而且作出了自己的特殊或附加规则和程序。[6]例如，《关于实施1994年关税与贸易总协定第6条的协定》（“《反倾销协定》”）第17条第4－7款就对争端提交DSB，专家组的职责以及信息披露等问题作出了规定。这些是结合具体协议特点作出的特殊规定。在本谅解与这些特殊规定相抵触的情况下，特殊规定优先。
在危地马拉水泥案中，上诉机构指出，本谅解规则和程序与适用协定的特殊或附加规定应同时适用。只有在两者不相容，即遵守一个规定就会违反另一个规定的情况下，才应优先适用特殊或附加规定。上诉机构进一步指出，两者共同构成争端解决程序整体，只有在特殊情况下才存在优先适用的问题；不能认为特殊或附加程序取代了本谅解的规定。[7]
当然，有些特殊规则，特别是关于时限的规定，是明显与本谅解不一致的。例如，《补贴和反补贴措施协定》第4条第4款规定磋商时间为30日，而本谅解第4条第7款则规定60日。在这种情况下，对于补贴方面的争端，就应适用30日的规定。但如果一个案件涉及多个适用协定，例如《补贴和反补贴措施协定》和《农业协定》，而《农业协定》并没有磋商时限较短的规定，则起诉方似乎应放弃援用较短期限的权利，转而使用较长期限，即进行普通的60日磋商。
2、适用协定之间抵触
在WTO争端解决案件中，一项争议涉及两个以上协定是很常见的。例如，在上述印尼汽车印尼汽车产业案中，就涉及《补贴与反补贴措施协定》、《与贸易有关的投资措施协定》和《与贸易有关的知识产权协定》等。[8]如果两个协定都有特殊规定并且相抵触，则当事双方应进行协商，确定适用于本案的规则和程序。如果双方在自专家组设立后20日内达不成协议，则任何一方都可以请求DSB主席确定规则和程序，而DSB主席经与当事方磋商，必须在接到请求后10日内完成这项任务。DSB主席遵循的原则是，尽可能使用特殊或补充规则，而本谅解的规则和程序只应在没有抵触的情况下使用。因此，DSB主席应尽量使用现有规则，而不是另创一套新规则。
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[1]第1条 “范围和适用”：1． 本谅解的规则和程序应适用于按照本谅解附录1所列各项协定(本谅解中称“适用协定”)的磋商和争端解决规定所提出的争端。本谅解的规则和程序还应适用于各成员间有关它们在《建立世界贸易组织协定》(本谅解中称“《WTO协定》”)规定和本谅解规定下权利和义务的磋商和争端解决；此类磋商和争端解决可单独进行，也可与任何其他适用协定结合进行。2． 本谅解规则和程序的适用应遵守本谅解附录2所确定的适用协定所含特殊或附加规则和程序。在本谅解的规则和程序与附录2所列特殊或附加规则和程序存在差异时，应以附录2中的特殊或附加规则和程序为准。在涉及一个以上适用协定项下的规则和程序的争端中，如审议中的此类协定的特殊或附加规则和程序之间产生抵触，且如果争端各方在专家组设立20天内不能就规则和程序达成协议，则第2条第1款中规定的争端解决机构(本谅解中称“DSB”)主席，在与争端各方磋商后，应在两成员中任一成员提出请求后10天内，确定应遵循的规则和程序。主席应按照以下原则，即在可能的情况下使用特殊或附加规则和程序，并应在避免抵触所必需的限度内使用本谅解所列规则和程序。
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