同时，把“国家赔偿”与“错案追究”相区分，即使进行了“国家赔偿”，也有可能不追究相关人员的“错案”责任，这种理论还助于改变把“国家赔偿”视为“错案追究”唯一依据的不良作法，防止现实中可能发生的“不敢批捕”或者“过于提高逮捕条件”的两种不良倾向，更好地加强对无罪羁押者人权的保障力度。
　　三、“有疑”，是否“有利于申请人”？[1]
　　在存疑不起诉的案件中，被存疑不起诉人已经被羁押的，这时对于被存疑不起诉人应否给予国家赔偿，本身发生“疑问”时，这时应该采取什么样的立场，往往是被学者们忽视的一个重要问题。
　　笔者认为，在这种情况下，应当采取“有疑，有利于申请人”的立场。因为“立场”的选择，往往是一个各种价值的权衡过程。在对一个被存疑不起诉人是否应予国家赔偿本身发生疑难时，这时就涉及到两种价值观的选择问题。一种作法是保护被存疑不起诉人的利益，不管他是否真的受到了侵害，或者发生“可赔可不赔”的情形，只要作出了存疑不起诉的决定，都一律进行赔偿；二是保护国家的利益，严格控制国家赔偿的范围，对可赔可不赔的案件，不赔。笔者认为，当这两种价值观发生冲突的时候，应以有利于被存疑不起诉人的利益为原则，也就说，对于可赔可不赔的有争议案件，应选择赔；对于可多赔可少赔的有争议案件，应选择多赔。因为相对于国家的强大权力而言，个人的力量是渺小的，被存疑不起诉人处于一种弱者的地位，倘对其权益不加以特殊的保护，势必遭到国家强权的侵犯，所以，为了保护涉案者的人权计，当发生国家赔偿的问题疑难时，应作有利于申请人的解释，这是现代文明的要求，也是保障人权的重要体现。
　　同时，“有疑，有利于申请人”原则，也是刑事诉讼无罪推定原则和疑罪从无原则在刑事国家赔偿中的体现。也就是说，任何人在被人民法院判决认定为有罪之前，在法律上只能推定为罪的；在发生案件疑难时，按照疑罪从无原则，也应作有利于被追究人的解释。在存疑不起诉的情况下，由于证据不足，经过补充侦查仍然查不明案件事实，存疑不起诉正是检察机关为了避免败诉的风险而作的一种权宜之策。而存疑不起诉，按照无罪推定原则和疑罪从无原则，在本质上只能是一项无罪的认定，尽管被存疑不起诉人实际上是有可能真正有罪的，但在没有被充分证实之前，只能推定为是无罪的。这样对一个法律上“无罪”的人采取的任何羁押措施就不在具有正当性，尽管这项强制措施在采取当时是有可能 “合法”、“正确”的，这是问题的一方面。

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