当然，从上述中央文件也可以看出，中央政府也从一开始便对农村合作基金会的活动边界进行了圈定。即农村合作基金会不属于金融机构，不得办理存、贷款业务，只在内部相互融资，属于“社区内的资金互助组织”（1996年《
国务院关于农村金融体制改革的决定》第
六条）。这便是农村合作基金会法律制度设计的主旋律！
以此作为纲领与基点，作为农村合作基金会主管部门的农业部及相关职能部门如中国人民银行相继出台了《关于加强农村合作基金会规范化、制度化建设若干问题的通知》（1991年，农业部，八个条文）、《关于进一步促进农村合作基金会稳步、健康发展的通知》（1993年，农业部，六个条文）、《
关于加强农村合作基金会管理的通知》（1994年，农业部、中国人民银行，共十二条）、《农村合作基金会登记管理办法》（1995年，农业部，共有四章二十五条条文）。这便是现有的规范农村合作基金会的主要法源（只有部门规章级！），其对农村合作基金会的制度构架主要有：
1、农村合作基金会的性质、宗旨与任务。农村合作基金会在性质上属于社区内的资金互助组织，具有社区性、互助性、合作性、金融性等特点。农村合作基金会以为农村社区内的农业、农民服务为其成立宗旨，不以营利为目的。其基本任务是管理、盘活集体资金和会员入股资金，缓解农村资金供求矛盾，引导农村民间信用，促进农村经济发展。
2、合作基金的资金来源。农村合作基金会可以从以下几个方面筹集资金：（1）会员股金；（2）代管资金；（3）自身积累资金；（4）有关部门的扶持资金。
3、会员资格、权利与义务。农村合作基金会的会员只能是乡（镇）、村社区农业集体经济组织和农户，且须以资金入股的形式加入。会员有选举和被选举权、优先优惠借用基金会资金权、参与基金会民主管理权、取得红利收入权，但需承认并遵守基金会章程，接受基金会对其资金借用情况的检查，按时归还借用资金的本息等。会员入股自愿、退股自由。
4、民主管理与监督稽查。农村合作基金会实施民主管理，建立健全全员大会或会员代表大会制度，并设立执行机构理事会和监督机构监事会。
5、入股资金的所有权及相应的收益权不变。农村合作基金会收益的大部分（60%以上）要返还给会员。
6、农村合作基金会相对独立。任何组织和个人都必须充分尊重农村合作基金会的自主权和民主管理权，不得侵占其财产、平调和强制使用其管理的资金，不得强令其为一些单位和个人的借款作担保，也不得将其与乡（镇）财政资金相混淆。
7、合作基金的使用原则。农村合作基金的使用以短期、小额、有偿为原则，优先解决农户和农业生产流动资金不足困难，资金投向要与当地产业结构相适应，不得将资金用于非农业的基本建设投资、房地产开发、购买股票和企业债券。
