至元朝，元世祖崇尚汉制，重视民本和养民政策，颁布农桑之制十四条，“县邑所属村庄，凡五十家立一社，择高年晓事者一人为之长。增至百家者，别设长一员。不及五十家者，与近村合为一社，地远人稀，不能相合，各自为社者五十家听。其合为社者，仍择数村之中，立社长官司长以教督农民为事。” 元朝在《立社令》中指出：“诸县所属村疃，凡五十家立为一社，不以是何诸色人等并行入社，令社众推举年高通晓农事有兼丁者为社长。”可以认为比较完整意义上的乡村自治是出现在元朝，至明代，朱元璋学习汉制，设老人制，规定里甲中选年过五十，为人敬服者，负责解决乡里纠纷。明史记载：“里设老人，选年高为众所服者，导民善，平乡里争诉”，可以认为是一种调解民事纠纷，维护社会风化的制度。
　　中国古代的乡村自治，是在中国皇权的封建统治越来越趋向专制集权的背景下形成的，此时的皇权专制达到了登峰造极的地步。在这种情况下的乡村自治，则完全屈从于皇权统治的需要，是皇权为了稳定农村，将更多的农村纠纷用调解方式消灭在国家权力介入之前，从而让国家权力能够专心于统治，而不用花很多的精力来裁断纠纷。这是一种国家的治理术。中国地域广阔，皇权高高在上，向下延伸的皇权难以穷尽所有农村社会的每一个角落，因而设立乡里组织，补官治之不足，充当官吏的耳目和跑腿。比如县级政权往往以县令为主官，下设分管行政、司法、税赋、教育等方面的官吏，而乡里制度的设置是自上而下，构成层级递进的关系，即上有乡、保，中有里，下有亭、甲、什、伍、牌等。所以，中国古代的乡村自治是皇权的统治术，是一种以民治民的策略。比如，宋代规定里正负责催税及承担本县差役（衙前），而里正一旦充当衙前，则往往倾家荡产，所以，民不敢露富，贫民不敢求富，人争相逃脱为里正衙前，甚至出现民以死求免里正衙前的惨状。 乡里完全沦为县以上统治者的一条泥腿子。州县的官吏高高在上，而乡里领袖则人微言轻，通过保甲制度，国家将乡村牢牢地控制在手里。
　　乡里百姓在乡村自治的背景下，拥有一种举荐权，如汉代“举民年五十以上，有修行，能率众为善以为三老，乡一人”，元代的推举年高通晓农事有兼丁者为社长，至明代，王守仁实行十家牌法，“于各乡村推举才行为众信服者一人为保长”， 又如太平天国时代，实行乡官制，“凡乡官熟悉之人，举为乡官，办理民务”。所谓举、推举、推选等字，不应当理解为古代的农民拥有真正的选举权，而只是一种推荐权利。现代民主制的投票技术，包括选民登记、少数服从多数的表决制、有效票和无效票的认定等，都只是在近代社会，尤其是清末的地方自治才引进的。中国古代不可能存在着普选制。因此，举荐权最终为村里有钱有权势的村民所掌握。中国古代的乡村自治只是一种乡绅自治。而生活在社会最底层的农民，担负着纳税和应付征调的任务，其生活是非常艰苦的，在生存受到威胁的前提下，根本没有心思来参与乡村自治。
　　县级政权以上的官员，有朝廷任命，升降操纵于上司乃至于皇上之手，而乡里组织领袖则直接从乡里百姓中选任，按职责分类规定选任标准，如清代保甲长之连任，根据闻钧天的研究，“保长以保甲编制之当任者，先选保长，保正及甲长，挨保甲编成后选任之。保长选任之法，先出告示，示保长辖统保正，有稽查资盗贼逃人奸宄职掌，并持以破格优异之殊礼，免除各种杂役。先依各乡约总地及庄镇长，合词公举能适任者，每乡举正副二人为候辅者报县，县官详审其推荐书，召之县堂，此见于公庭，免其下跪叩头，礼观其容仪，审其应对，择二人中之最堪胜任者，于某月某日，行公任仪式，于一人备候补”。

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