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　　法律推理的复杂性，不仅在于它并不是机械的操作方式，还在于它并不限于上面所讲的形式推理（在我国主要指三段论式推理），在有的情况下，特别是在所谓疑难案件中，必须进行一种高层次的实质推理，即这种推理并不是指思维形式是否正确，而是关系到这种思维的实质内容如何确定的问题。按照亚里士多德的讲法，这种推理方式称为辩证推理或辩证逻辑，也有人称为非分析逻辑、结果逻辑，分别与形式推理、形式逻辑、分析逻辑、先例逻辑相对称。
　　我们不妨以上面所说的违章停车事件为例来说明形式推理和实质推理的区别。违章停车应处罚款的规定是大前提，甲违章停车的事实是小前提，结论（裁决）是甲违章停车应处罚5元。上面已讲过，这是最简易的案件之一，也是一种最简易的形式推理。这里并不涉及对法律规定或事实的实质内容的评价，不涉及价值观。但假定事实是甲之所以违章停车是由于他在驾车行驶时心肌梗塞发作，只能被迫停车。在这种情况下，执法的交通警或受理这一案件的法官又如何处理呢？假定法律上对这种意外情况既无明文规定，也无类似规定，他们显然就需要另一种高层次的推理了。他们可能作出这样结论：根据交通法规，对甲应处罚款，但他之所以违章停车是由于不可抗力的原因，因而应免于追究法律责任。这种推理已不是形式推理，而是涉及到对法律规定和案件事实本身的实质内容的评价。执法和司法人员可能既要考虑法律的确定性（这当然也是一种价值），但更要考虑到例如人道主义等价值。这也就是说，在这种复杂情况下，形式推理已不再适合，必须代之以实质推理。
　　一般地说，在疑难案件的情况下就需要进行实质推理。但通常所说的疑难案件可以有不同的情况。例如有的仅仅是有关案件事实的疑难，如案件情况复杂，难以查证，难以认定事实等；有的仅仅是有关法律规定的疑难，如法律中没有明文规定，法律规定本身模糊不明等；也有的是案件事实和法律规定结合在一起的疑难。就研究运用法律推理而论，我们所讲的疑难案件主要是指有关法律规定的疑难案件或法律规定与案件事实结合在一起的疑难案件，仅仅有关案件事实的疑难案件并不直接涉及法律适用过程中法律推理问题。
　　在我们所讲的疑难案件中，有以下几种情况可能需要进行实质推理。
　　第一，法律规定本身意义含糊不明，而且这种含糊不明并不是文字上的含糊。这里讲的是法律规定本身意义含糊，是指实质内容的含糊。如果要进行法律解释，这种解释已不是文字解释而是实质内容或价值观的解释，已属于实质推理的范围。例如，对法律规定中所讲的“公平”、“正当”、“公共利益”之类概念的解释都涉及实质内容或价值观的解释，就属于实质推理的范畴了。第二，在法律中对有关主题本身并无明文规定，也就是出现了法学著作中通常所讲的“法律空隙”。出现“法律空隙”的现象可能有各种原因，它可能是在制定有关法律时由于某种原因而未加规定，也可能是在有关法律制定后出现了难以预料的新情况。例如，我国近年来在体制改革过程中所出现的很多新情况，如股份制、私营企业等，又如由于科技的发展所带来的新情况，如人工授精、安乐死等，它们都使原有的法律中出现了某种“空隙”。第三，法律规定本身可能有抵触。第四，法律中可能规定两种或两种以上可供执法者、司法者选择适用的条款。第五，出现通常所说的“合法”与“合理”之间的矛盾。即某一行为或关系，在法律上讲是“合法”的，但从经济、政治、伦理等角度讲，却是“不合理”的。或反过来，从法律上讲是“违法”的，但从其他角度讲，却是“合理”的。在我国社会主义法律制度下，总的来说，“合法”与“合理”应该是一致的，但在实际生活中，尤其在社会主义初级阶段，新旧体制并存，法律正在逐步完善的过程中，在特定情况下，会存在“合法”和“合理”之间的矛盾。
　　在出现以上这些情况时，执法者、司法者在适用法律时显然已不可能运用形式推理，因为在这些情况下，或者是大前提含糊不明，或者是缺乏大前提，或者是有几个大前提，或者是原有大前提不合适，必须明确或另找一个大前提。这种思维活动就是实质推理，即根据一定的价值观来作出判断。在出现以上这些情况时，对健全法制来说，主要的解决办法当然是修改原有法律或制定新的法律。但在法律适用过程中遇到这些情况又如何处理呢？我们很难设想：一个法院在受理一个在它管辖范围内的案件时，可以以它自己认为某一法律规定含糊不明为理由而拒不作出判决。